Plant MITE

SE2920074

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_74
Aquilegia coerulea
SE2920074
Mutator
M24
scaffold_39:1101471-1102131
TTAATTTAG
AATTTAGGGTGTTATTCTTCCCACCCAAACAAGTTGTCAAAAAACCCAAATTTTAAAAATAGTTAAAAGTTGTCAAAAAACCCAATACTAATTTACACTATTGTCCTTATTT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TT    T                                                                                         AC        --        ACATAATTAA   TTTGTT              AA     AACTAATTTACAC      AATT    -------TAATCTTCC    TCATAATTATTGGAACATTCTCCCCATATTCTTCCACTTGCAATTGTCTATCAAAATCATCTAAAAAAAGAATTTTATTGAGGTCTATATCCATTATCATATTGAAAAGTATGATATGATCTTTGGACGAGTAT
  AATT AGGGTGTTATTCTTCCCACCCAAACAAGTTGTCAAAAAACCCAAATTTTAAAAATAGTTAAAAGTTGTCAAAAAACCCAATACTAATTT  ACTATTGT  CCTTATTT          TTA      AAATTTTGTCAAAA  CCCAA             AAAGCT    TTGT                TCCA                                                                                                                                      
  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||          |||      ||||||||||||||  |||||             ||||||    ||||                ||||                                                                                                                                       
  TTAA TCCCACAATAAGAAGGGTGGGTTTGTTTAACAGTTTTTTGGGTTTAAAATTTTTATCAATTTTTAACAGTTTTTTGGGTTATGATTAAA  TGATAACA  GGGATAAA          AAT      TTTAAAACAGTTTT  GGGTT             TTTCGG    GACG                GGGT                                                                                                                                      
AT    T                                                                                         --        TG        AACTTATTTG   TATTGT              TG     GAACAAACCTCTT      --GT    TATAATACTCTTTTTC    GAATGTATTAAATTACTTTTCTTCAAAGATTTATATCAAAAATCCCAAAACCACCTATTCTACTTGTGTTTTGTCTAAAAAGTGATACTTCTTGTGTGTTGTATTATCAAAATAAGAAGATTTGCCGATGTATT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2920074

TTAATTTAGGGTGTTATTCTTCCCACCCAAACAAGTTGTCAAAAAACCCAAATTTTAAAAATAGTTAAAAGTTGTCAAAAAACCCAATACTAATTTACACTATTGTCCTTATTTACATAATTAATTATTTGTTAAATTTTGTCAAAAAACCCAAAACTAATTTACACAAAGCTAATTTTGTTAATCTTCCTCCATCATAATTATTGGAACATTCTCCCCATATTCTTCCACTTGCAATTGTCTATCAAAATCATCTAAAAAAAGAATTTTATTGAGGTCTATATCCATTATCATATTGAAAAGTATGATATGATCTTTGGACGAGTATTTATGTAGCCGTTTAGAAGAATAAAACTATTATGTTGTGTGTTCTTCATAGTGAAAAATCTGTTTTGTGTTCATCTTATCCACCAAAACCCTAAAAACTATATTTAGAAACTTCTTTTCATTAAATTATGTAAGTGGGCTTTTTCTCATAATATGCAGTGGGCTTTTTCTCCAAACAAGTTGGGGTTTTTGACAAAATTTTGTTATTAAGTTTATTCAAAAATAGGGGTACAATAGTAAATTAGTATTGGGTTTTTTGACAATTTTTAACTATTTTTAAAATTTGGGTTTTTTGACAATTTGTTTGGGTGGGAAGAATAACACCCTTAATTTA

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