Plant MITE

SE3020441

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_578
Malus domestica
SE3020441
Mutator
MadM87
MDC022559.287:6612-6871
TTTAATTAA
TTAATTAAGGGTTGTGATTTTCACACACCCTTAACTACTTTCCACACCCRRTCCTATTTTTTAATAGTTAATTGGTATCCTACTATTTAATCTTCCATATATACCCTTCCTACTTTTTTAT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

T        -                               --     -     RR            A  G                                            -----AC        GGTA
 TTAATTAA GGGTTGTGATTTTCACACACCCTTAACTACT  TTCCA CACCC  TCCTATTTTTTA TA TTAATTGGTATCCTACTATTTAATCTTCCATATATACCCTTCCT       TTTTTTAT    
 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||     
 AATTAATT CCCAACACTAAAAGTGTGTGGGAATTGATGA  AGGGT GTGGG  AGGATAAAAAAT AT AATTAACCATAGGATGATAAATTAGAAGGTATATATGGGGAGGG       AGAAAATA    
         T                               AA     T     GA            C  G                                            ATAAATT        ATTA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3020441

TTTAATTAAGGGTTGTGATTTTCACACACCCTTAACTACTTTCCACACCCRRTCCTATTTTTTAATAGTTAATTGGTATCCTACTATTTAATCTTCCATATATACCCTTCCTACTTTTTTATGGTAATTAATAAAAGATTAAATAGGGAGGGGTATATATGGAAGATTAAATAGTAGGATACCAATTAAGTACTAAAAAATAGGAAGGGGTGTTGGGAAAAGTAGTTAAGGGTGTGTGAAAATCACAACCCTTTAATTAA

Copy Cancel