Plant MITE

SE0410078

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2448
Brassica rapa
SE0410078
Tc1/Mariner
St11
A06:15193935-15194196
TA
TACTCCCTCCGTATCAGTTTAACTGGTGTTTAA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

         C      G     CT         --AG       TTTTGTTTCAAAATATGTGATATTCTCACAATTCTAAGTAAAATTTAATATCATTTGAAATTTTTGACCAATTATAAAATACCGCATC
TACTCCCTC GTATCA TTTAA  GGTGTTTAA    ATTTTGA                                                                                        
||||||||| |||||| |||||  |||||||||    |||||||                                                                                         
ATGAGGGAG CATAGT AAATT  CCACAAATT    AAACGTG                                                                                        
         A      A     CT         CAAA       TTTATAATTCTTTTATGTTTGAAATTACATTAATTAAAACCATTGTATTTTATTGTAATTTATTTTGATTAAGTTGGTTATTCTTTTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE0410078

TACTCCCTCCGTATCAGTTTAACTGGTGTTTAAAGATTTTGATTTTGTTTCAAAATATGTGATATTCTCACAATTCTAAGTAAAATTTAATATCATTTGAAATTTTTGACCAATTATAAAATACCGCATCTTTTTCTTATTGGTTGAATTAGTTTTATTTAATGTTATTTTATGTTACCAAAATTAATTACATTAAAGTTTGTATTTTCTTAATATTTGTGCAAAAAACTTAAACACCTCTTAAAATGATACAGAGGGAGTA

Copy Cancel