Plant MITE

SE0450133

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2503
Brassica rapa
SE0450133
PIF/harbinger
To27
A06:6418817-6419188
TTA
AGAGCATCTCCAACCCA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TT  AG         C   --TA      TTATAGTGTCAAAACCACACTATTTTAGTGTAATTTTAGCACTAAAAAAAAGTTCTTCTCCAACCATAACACCAAATTTCACACTAAAAGCTATTTTATAATATTATATGTATTTATAGTTTTATTTTTCATTTATTTAATTGTCTATTTTATTAATA
  AG  CATCTCCAA CCA    ACACTA                                                                                                                                                              
  ||  ||||||||| |||    ||||||                                                                                                                                                               
  TC  GTAGAGGTT GGT    GTTTTG                                                                                                                                                              
AT  CG         T   TGAG      TGATAAAATCACACTAAAACTGTGTTTTTGGAAGAGGTTGGGTTGTGATTTTTAGTGTGGTAAAATCACGTTGTGATATTAAAGTGTGGTTTAAACCACACTGTGATAAGTGGTGTGATTTTGTGATAAGTGGGGTGATTTTGTGATAAGTGAATTAA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE0450133

TTAGAGCATCTCCAACCCATAACACTATTATAGTGTCAAAACCACACTATTTTAGTGTAATTTTAGCACTAAAAAAAAGTTCTTCTCCAACCATAACACCAAATTTCACACTAAAAGCTATTTTATAATATTATATGTATTTATAGTTTTATTTTTCATTTATTTAATTGTCTATTTTATTAATAAATTAAGTGAATAGTGTTTTAGTGGGGTGAATAGTGTTTTAGTGTGGTGAATAGTGTCACACCAAATTTGGTGTGAAATTATAGTGTTGCACTAAAATGGTGTGATTTTTAGTGTTGGGTTGGAGAAGGTTTTTGTGTCAAAATCACACTAAAATAGTGTTTTGGAGTTGGTTTGGAGATGGCCTTA

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