Plant MITE

SE0430136

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2506
Brassica rapa
SE0430136
hAT
Hat45
A09:26279625-26280287
GATGTTAA
GATGTTAATAGGCCTGGGCA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

        AA            -----------T    -   ATCGGTTCGGTTTGGTTCGGATATTTTGGGTTTCGGGTAGTTCGGATAGGGGCTAAAGTATCCATTTAGTACTTGACCTATTTTCGGTTTGGTTCGGTTCGGATAGTTTTGGGTTCGGTTCGGTTCGGATAGTAAATGTAGGAACCGGAAAATATCCGGAAAAAATCCGGTTCTCATTTGGATCCGGTTCAGATTCGGATAGTTCGGATAATTTGGATAAAATACCGATTATTTAGGGTAAAATATCAAATAATTAGGATGATTTAGATAAATAAATTAGGATATTTCGGATTACTT
  GATGTT  TAGGCCTGGGCA            TTCG GGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
  ||||||  ||||||||||||            |||| |||                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T
  TTGTAG  ATCCGGACCCGT            GGCT GGC                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
AA      --            TTTATTGGCTTT    T   TTTGGCTTGGCTTCATAGGCTTTGGCCTTGGCCTGGTTATGGAAGTTTATGGGCTTGCCAAAGATATAAAAATATAGGCTTTATTGGCTTGGCTTGGCCTTGGCTTGGCTCTTGGCTTGTCCATGGGCTTATATATTTTTATAATTAATATATATGTATATTGTATTGTTATATATAAAAATTAAATTTTAAGATAATTTTTATAGACTTTTATCAACTTCTAATGATTTAATAATATTTTATAGGCTTAATGGGCTTCATAGGCTTTGATAGGCCTATCAAAATAGGCTTTATAGG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE0430136

GATGTTAATAGGCCTGGGCATTTCGGGTATCGGTTCGGTTTGGTTCGGATATTTTGGGTTTCGGGTAGTTCGGATAGGGGCTAAAGTATCCATTTAGTACTTGACCTATTTTCGGTTTGGTTCGGTTCGGATAGTTTTGGGTTCGGTTCGGTTCGGATAGTAAATGTAGGAACCGGAAAATATCCGGAAAAAATCCGGTTCTCATTTGGATCCGGTTCAGATTCGGATAGTTCGGATAATTTGGATAAAATACCGATTATTTAGGGTAAAATATCAAATAATTAGGATGATTTAGATAAATAAATTAGGATATTTCGGATTACTTTGGATATTTCGGATAAAACTATCCGGATAGTTTCGGATACTTCGGGTAATTCGGATATTTTATAATAATTTAGTAATCTTCAACTATTTTCAGATATTTTTAATAGAATTTTAAATTAAAAATATATATTGTTATGTTATATGTATATATAATTAATATTTTTATATATTCGGGTACCTGTTCGGTTCTCGGTTCGGTTCCGGTTCGGTTCGGTTATTTCGGATATAAAAATATAGAAACCGTTCGGGTATTTGAAGGTATTGGTCCGGTTCCGGTTTCGGATACTTCGGTTCGGTTTCGGTTCGGTTTCGGTTATTTTGCCCAGGCCTAGATGTTAA

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