SE0450275

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_2645
  • Brassica rapa
  • SE0450275
  • PIF/harbinger
  • To46
  • A01:7059717-7060422
  • TAA
  • AGGCCATCTCCCACAA

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
TA   C       C    GACACCAAA            A   GAAT       C -   A ACACCAAATTTGACACTATCCCACCAAATTTGATGTAACGTGAATAGTATTACACCAAATTTGGTTTAACACTATTCATCACACCAAATCTTTAAAATACATATTTTAATATGTTTTATTTAAAAATATAGTTTAATTACTATCAAATTTGTAATTAAACATAACATTGTATTATTTTTATTTTAAATTTATTTTCACATTTGGTGTAATAATATTCATCACACAATATTCTAAAATACATTTTAATATGTTCCATTTAATAATATAGATCAATTACTATCAAATTTGTAATTAAAC
  AGG CATCTCC ACAA         ATACCAAATTTG TGT    TCATCTC A ACA G                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
  ||| ||||||| ||||         |||||||||||| |||    ||||||| | ||| |                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
  TCC GTAGAGG TGTT         TATGGTTTAAAT ACA    TTTAATG T GTT T                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
AA   C       T    -------AC            C   --AC       - A   - AAATCACAAAACCACGTTAAAATAAAACAGTAGAGATTGTCATTGTGGTTTAGAATGTGGTTTTATTATAATATATAATAAACTACAAAAGTCAAAATTTTGAAAATATAAAGATAATAAACATTAACTATTTATTATTAAAACAATGTAGATCTAATATAAATATAAAATAATAAACATTCACTATTTATTATTATCAATAAATGATTAAATAAAACTTATATTATTATTTTATTTTTAATTTAAAAATTAATATACTTTTATTTAATTTTTATGTTTATTATATTATAATAAATA

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End