Plant MITE

SE0450311

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2681
Brassica rapa
SE0450311
PIF/harbinger
To50
A08:18347829-18348498
ATA
GGGGGTGATTGGTTGGACT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

ATA  G           G    TTATCTCCCTAC   ----  CTTT     TTTTTAAATCACTAAATTTTACCAATCATGCTTTAGTTTTACTTTTAAAAATTAAAGTCTACATCAAGTTTTTATTTAATTTTACCAATCATGCTTTAACTTTATTTTTAAAGCTACAGCAAAAAAAACAAAGCAAAACTTTTTATTATGTATTTTAGGCAAAAATGCTACATCATATTTTTATAGGCTGTAGAATCTGTAAAATGTAAAAAAAATATCTATAATATCAAATAAATTATATAATCATAATAAAAAACTTTTATAAATATTTTAGTTTTGAATTTGAGTGTT
   GG GGTGATTGGTT GACT            TTT    AG    ATTTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
   || ||||||||||| ||||            |||    ||    |||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                   T
   CC CTACTAACCAA CTGA            CGA    TT    TAAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
ATA  A           G    ---------CAC   ATTT  ----     CAACATCTACAAATCGACATCTATTTAACCAACATCGACATTTCAACAATGACATCTAAAAAAGACGTCTCTGAAAACAACATCAATTTAAACAACATCGACATTCAATATCCGACATCTATAAAATTTTATTTTATATACTTTATACACAACATATATATTTTAATAATAAAATATACTTAATTTTATTAAATATAATTATAAAAAAATATTTAATAGTTTTAAATAACATTAAATTTTTCACTATACATTTATTATAAATATAATAAATTTATAAAATTATTAATTTTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE0450311

ATAGGGGGTGATTGGTTGGACTTTATCTCCCTACTTTAGCTTTATTTATTTTTAAATCACTAAATTTTACCAATCATGCTTTAGTTTTACTTTTAAAAATTAAAGTCTACATCAAGTTTTTATTTAATTTTACCAATCATGCTTTAACTTTATTTTTAAAGCTACAGCAAAAAAAACAAAGCAAAACTTTTTATTATGTATTTTAGGCAAAAATGCTACATCATATTTTTATAGGCTGTAGAATCTGTAAAATGTAAAAAAAATATCTATAATATCAAATAAATTATATAATCATAATAAAAAACTTTTATAAATATTTTAGTTTTGAATTTGAGTGTTTTTTTTAATTATTAAAATATTTAAATAATATAAATATTATTTACATATCACTTTTTAAATTACAATAAATTTTGATAATTTATAAAAAAATATTAATATAAATTATTTTAATTCATATAAAATAATAATTTTATATATACAACACATATTTCATATATTTTATTTTAAAATATCTACAGCCTATAACTTACAGCTACAACAAATTTAACTACAACAAAAGTCTCTGCAGAAAAAATCTACAGTAACAACTTTACAGCTACAACCAATTTATCTACAGCTAAACATCTACAACTAAATTTTTTAAGCCACAGTCGAACCAATCATCACCATA

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