Plant MITE

SE4230082

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2850
Cajanus cajan
SE4230082
hAT
Hat7
CcLG06:6273859-6274611
ATCTCACT
TTAGGGATGGCA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

ATCTCAC            A       -----   ACCCACGGGTATTTGTGGGTAAAATCCACTACGGATAATAAATGGATAGGCTAATTGGGTACCCGCAGATAATGGGGACAGATAATTTTTTACCCGTTTATAAATGGGGTGGGGGCGGGTATGATGATATCCATACCCGCGAGTACCTGTTTAATAATATTTATTAAATATCCTAATTATCCTTGTTTCACATAACCCTAAAGCTACACTCTCATGTTATTTTCTTTCCATAGAATTATGTTGGATGTAAATTGATTAACTTTATAGCTTTGATTGGACCAATAAGATTTATGTATTTTAAGTTGTTTACTTACGTTTGGAATTATGAGATTGAATTATTGTAG
       TTAGGGATGGCA AAATACC     CGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
       |||||||||||| |||||||     |||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        C
       AATCCCTACCGT TACTCCG     CCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
TCACTCT            -       GGGTA   CCGCCCATTATCATTTGGGCGGGGGCGGGGTAACATACTTTTAACCGAGGTATGGGTGAGGTATAGGTGCGCCCATAGGTAATTCGCCCATAGGTACTTAAAGAACTTATGGGTGCCTATAGGTACCTATAAATATTTAAAAAATTCTTTAATTTTTTTTAATATAATGTTTATTAAAATTTAAATATAAATTACAGTAACTTTATAATATTTATTTTTAAGTTACAATTAAAACTTAAACATAAATTGCAATTAAGACAACTTTATTATTATTTCTACGTTCTATTAGTTAGTGAATTTTATGTAGTTAGAATGTGTTCATACACTTTCAGAGTATAGTGTTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE4230082

ATCTCACTTAGGGATGGCAAAAATACCCGTACCCACGGGTATTTGTGGGTAAAATCCACTACGGATAATAAATGGATAGGCTAATTGGGTACCCGCAGATAATGGGGACAGATAATTTTTTACCCGTTTATAAATGGGGTGGGGGCGGGTATGATGATATCCATACCCGCGAGTACCTGTTTAATAATATTTATTAAATATCCTAATTATCCTTGTTTCACATAACCCTAAAGCTACACTCTCATGTTATTTTCTTTCCATAGAATTATGTTGGATGTAAATTGATTAACTTTATAGCTTTGATTGGACCAATAAGATTTATGTATTTTAAGTTGTTTACTTACGTTTGGAATTATGAGATTGAATTATTGTAGCTTTGTGATATGAGACTTTCACATACTTGTGTAAGATTGATGTATTTTAAGTGATTGATTATCTTGCATCTTTATTATTATTTCAACAGAATTAACGTTAAATACAAATTCAAAATTAACATTGAATTTTTATTTATAATATTTCAATGACATTAAATATAAATTTAAAATTATTTGTAATATAATTTTTTTTAATTTCTTAAAAAATTTATAAATATCCATGGATATCCGTGGGTATTCAAGAAATTCATGGATACCCGCTTAATGGATACCCGCGTGGATATGGAGTGGGTATGGAGCCAATTTTCATACAATGGGGCGGGGGCGGGTTTACTATTACCCGCCTCCATGGGGCCTCATTGCCATCCCTAATCTCACT

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