Plant MITE

SE4230097

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2865
Cajanus cajan
SE4230097
hAT
Hat5
CcLG03:15771013-15771764
GCTGGGAC
CTGGGACTAGGGGTGGGTAT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

 G  G  A              AT    TTGAGTCCGCGGACCGGTCCGTAAGTCCGCGGACTTCACGGATAACGGACTCATTTTTTTTAATCCGTATAATCATACGGACTTTCTAGGCCCGGCCCGTTTAGTCCGCGGATTTTGCGGATTTAATCCGCGAGCCCGCGGATTACCCGTTTAAATGTGGACTCAAATTTTTTTATTGGAGATGGTTGATTATATTTGATAGATGTAATTGGACTTACAAATATTTTATGTTTGTTTTTAAGATATTAATTAAGACTTTATGTTTTAAGGTATTTAGACTTTGATGTACTGGCTTTAATATTTGGTTAATAGTTGATATGCTTGGACTTTAAATTTTAAAGGCATTGAGA
  CT GG CTAGGGGTGGGTAT  GGAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
  || || ||||||||||||||  ||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
  GG TC GATCCCCACCCATA  CGCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
CA  G  -              --    TGGCCAGGCCGGGCAAATTCCGGGCCAGGCGCTTCAGGCGTAAAAATTGCCCGGCCTATTTAGGCCAGGTGCTTTATTTACCTGATTTAGAAGTTCAGGCATAGGCCGGGCACTTCGGGCGCCTATTTGCCTATTCAGGCGCCCGGGTTAATTTAGATTTAACAAATTTACTTATAACTGAGTCTAAAACTTAAAGAAAAGGAAATAAATTGGATACTTTTGTACTCCCTTTTTTTTATATTTTAGTATATTTATATGAAGATTATTATTGTAGTTTGTAACATTTATTATTTAGTTTCAGAATTTATTGTTTCAAATGTGTAAGATTTAAAGATTATCTTTATAAATTC

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE4230097

GCTGGGACTAGGGGTGGGTATATGGACTTGAGTCCGCGGACCGGTCCGTAAGTCCGCGGACTTCACGGATAACGGACTCATTTTTTTTAATCCGTATAATCATACGGACTTTCTAGGCCCGGCCCGTTTAGTCCGCGGATTTTGCGGATTTAATCCGCGAGCCCGCGGATTACCCGTTTAAATGTGGACTCAAATTTTTTTATTGGAGATGGTTGATTATATTTGATAGATGTAATTGGACTTACAAATATTTTATGTTTGTTTTTAAGATATTAATTAAGACTTTATGTTTTAAGGTATTTAGACTTTGATGTACTGGCTTTAATATTTGGTTAATAGTTGATATGCTTGGACTTTAAATTTTAAAGGCATTGAGACTTAAATATTTCTATTAGAAATTTAGAATGTGTAAACTTTGTTATTTAAGACTTTGATTTATTATTTACAATGTTTGATGTTATTATTAGAAGTATATTTATATGATTTTATATTTTTTTTCCCTCATGTTTTCATAGGTTAAATAAAGGAAAAGAAATTCAAAATCTGAGTCAATATTCATTTAAACAATTTAGATTTAATTGGGCCCGCGGACTTATCCGTTTATCCGCGGGCTTCACGGGCCGGATACGGACTTGAAGATTTAGTCCATTTATTTCGTGGACCGGATTTATCCGGCCCGTTAAAAATGCGGACTTCGCGGACCGGGCCTTAAACGGGCCGGACCGGTCCGCATACCCACCCCTAGCTGGGAC

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