SE4230100

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_2868
  • Cajanus cajan
  • SE4230100
  • hAT
  • Hat6
  • CcLG06:3415243-3415961
  • ATTTTGTT
  • TTAGAGCTGTC

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3' 
ATTTTGT           A         AGCCCGGCCCGTTTGGCCCGGCCTACCTCAACCCACTTTTTAAGTGGGCCAACCCAGCCCGGTCCACAAAATATATTATGCAAATTTTTCTAGCCCGGCCCGGCCCACCACGGGTTGGTGGGCTAAACGGGCCGCCCACCAACCCACCTGATTTAAAAAAAAATTATAATTTAAAATAAATTTCAATATAAAATAATATTTAATCTAAAGTAAAAATTATTAAACTAAGTATCATGGATACAACATTAAAATTAAATTAATAAGTGTGCAACTTTAAAAATTAAAACAAAAAATAAAAAATCTTTCATGAGAGTGATTATTCATCAATATTA
       TTAGAGCTGTC AAACGGGCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
       ||||||||||| |||||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
       AATCTCGACAG TTTCACCCG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
TTGTTTT           -         AGGTCGAGCACCCAGTTGGGCCGGGTGGAACTTTTACCCGGCCCGGCCCGGTTTTTTTACTTTTTTTAATACTACCCAGTTTTTTACACTGGGCCGGGTGAAAGCTGGGCCGGATGGGCCCAACTTGGGCACCACCCGGCCCGCCGGGTGGACTGGGTGAATGGTTGGGTAGGGGATTTGGGTGATTGTTAGGTGATTGTTGAGTGAATTGATAAATAATAATATATACGTAATAAAATTATTCTATAGTAAAAAAATATCTATTTCTATTTTAGTTACAATTTGTTATACTTTAATGATATTTAAATAGATAGGTTTGGAGATTATTTTAA
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MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End

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