SE4240101

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_2869
  • Cajanus cajan
  • SE4240101
  • CACTA
  • Ca1
  • CcLG11:5519409-5520163
  • AAT
  • TCACTACACCAAAATTAATTTTTTGTGACAAT

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
AA        C       A   T  TG       TAATTTAT          ----TCAT       GTCATTATTTGTTTTACCAGCATTTAAATTAAGGTTGGTGTATCCAGTGTCGCTAATACTATTACTGACATTTATATAAAATGCTGGTAAAGATCTATTAAATTGTCGGGAAAACTTATTTTTTTAGTAACAATTCTAATAGTCATTTTAAAGGCTATTAAAATTTATTTTTTTTCAATTGTCTCCTTTATTTTAAATAATTTATTCCTATAATTTCCTATTCTAAATTCATAACTTATATACTTTTTTTATCTCTACTCGATGTGGAATTTGTAAGATGAGAGTTGTCTTTTATTTATATATATTTTAATTTATT
  TCACTACA CAAAATT ATT TT  TGACAAT        TATTTAGTGG        ATAAATG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
  |||||||| ||||||| ||| ||  |||||||        ||||||||||        |||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            T
  AGTGATGT GTTTTAA TAA AA  GCTGTTA        ATAAATTACC        ATTAACG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
TA        T       A   T  TT       --------          TTTATTAA       GCGGTATATATTTTTATAATTACCGATTATATATTATCGATGATTTTTATATAAATATAATGTGATTTCAAATGATAATCGCTGTTAATAAATAATCTTTTTTGAATTCAGGGTGTAGCTAATCTCTATTCTATTAATTTATCATATATTCACTCATTATTGATAGTGGAATGTACAAATAAAATATCCCAACTGATGATATTATTTAACCATAGTTTAGTAGGTAATAATGGTTTAAGTTATTACAATATTTTGTTAATCTCTTGTTGAAAGTAGAATATTTAGAGTGTAAAGAATTCTCTGTTTTATTAATTTT

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End