Plant MITE

SE0550058

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_3023
Capsella rubella
SE0550058
PIF/harbinger
To21
scaffold_7:13978459-13979182
TAA
AGACCATCTCCAAT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TA   C             TTTTGCTATTTTTGCCTCTATATTAGAGGAACTCTATAATAGAGGTGACTTTTGCTCCAATGGTTTCCTCTATTTTTTCCTCTATAATAGAATATTCCAAATAGATTCTTTTGAAATTTTAACATTAACACCATCTATTTATTAAAATTTCAAATTCACCCATTTACTTTAACTTTTATAAAATTTTAATAAAATAGTTACTTTTATTTAAATTAAAAAATTTATTATAAAAACATCATATTATATATTTTTAATTTAAAAGTACATCGTATTATATAAAAACAATAAGATACTATATTATATTCTATTATTATATATAATAAGGTAAAATAAAATCTCTTTT
  AGA CATCTCCAATAGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
  ||| |||||||||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
  TCT GTAGAGGTTGGGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
AA   C             GGAGATATAAACGAAGATTTGAGATAAAATATCGTTAAAAACGAGGTTGGGTGGAGATATAGGTGGAGATAATATCTCTAACGATAAAAATAGAGATATATATCTCCTCGAGATAAAAAAGGAGATATTTATCTCCACTTGATAAAATAACGTTTCATCAGGAAAATTAGAATTTGAAGAAAATAAATACTTGTTTTATTTATATACAGTATTGATTATTATATTTTATAAAATCTCCAAAATTATATTATATATAAGATTTTAAACTCTGATGGTAAACGTCTTCATTTAATATATTTAGAATATTTATATATATTATTATCTAAAATAAAAATAACTTCCT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE0550058

TAAGACCATCTCCAATAGTTTTTGCTATTTTTGCCTCTATATTAGAGGAACTCTATAATAGAGGTGACTTTTGCTCCAATGGTTTCCTCTATTTTTTCCTCTATAATAGAATATTCCAAATAGATTCTTTTGAAATTTTAACATTAACACCATCTATTTATTAAAATTTCAAATTCACCCATTTACTTTAACTTTTATAAAATTTTAATAAAATAGTTACTTTTATTTAAATTAAAAAATTTATTATAAAAACATCATATTATATATTTTTAATTTAAAAGTACATCGTATTATATAAAAACAATAAGATACTATATTATATTCTATTATTATATATAATAAGGTAAAATAAAATCTCTTTTTCCTTCAATAAAAATAAAATCTATTATTATATATATTTATAAGATTTATATAATTTACTTCTGCAAATGGTAGTCTCAAATTTTAGAATATATATTATATTAAAACCTCTAAAATATTTTATATTATTAGTTATGACATATATTTATTTTGTTCATAAATAAAAGAAGTTTAAGATTAAAAGGACTACTTTGCAATAAAATAGTTCACCTCTATTTATAGAGGAAAAAATAGAGCTCCTCTATATATAGAGATAAAAATAGCAATCTCTATAATAGAGGTGGATATAGAGGTGGGTTGGAGCAAAAATTGCTATAAAATAGAGTTTAGAAGCAAATATAGAGGTGGGTTGGAGATGCTCTAA

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