Plant MITE

SE0550064

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_3029
Capsella rubella
SE0550064
PIF/harbinger
To23
scaffold_7:4557181-4557915
TAT
GGCTTCTACTGGTAACCATTAGAGGA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TAT      TAC          --TAG    ACAAAAGGAAAA         - GAACAATAC       AATAAACAACTTTTGAGTAATGAAAGGAAAACATGCAGAGAAGAACAAAATAATAAATGGTAACCAAACAATAACACTATCTTTTATAATATATTTGATTAAATAAATCAACTTTTAATAATAATACTAGATATAATTTATACATAATGAATTTGACACTAATTTTAAAATATATTTTTGAATGAATTTAAATATTTAATGTTAAAAATTAATAATTTATATTAACCTATTATAGATTATAGTAATTTTTTATTTGTTATTTATGATATAAACATCTCTTAAATATGTTTTACTATCCATACAAATTTT
   GGCTTC   TGGTAACCAT     AGGA            AGAACAAAA A         GGAACGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
   ||||||   ||||||||||     ||||            ||||||||| |         |||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A
   CCGGAG   ACCATTGGTA     TCCT            TTTTTTACT T         TCCTTAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
TAT      CTA          CTAAA    ------------         C ---------       ACTGTAAGGAGAAGTAAGGAGTTAAAAAAATGGTAAATGTTCTTTAGTAAAAAGGTGTAGTAAAGAGATGTAAGGAGTGTTTTACTCCTTGTTATCTTGTTTTTACAAGGAGGGGTTTTAACTACTCCTTGTTTACCTTGTTTTTTTTCTTGTTTATAAATTTAAGCAAAAAATAAAATTTTATTTTTTAATAAATAATTATTATAAAATTAGAGTATTATATTATAAAAAGTATAAAAATAGTACATAACTGTAATTTTTTATAAAAACTATACTTAAAGTACAATTTTTTCGAATGATATGTAATAA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE0550064

TATGGCTTCTACTGGTAACCATTAGAGGAACAAAAGGAAAAAGAACAAAAAGAACAATACGGAACGGAATAAACAACTTTTGAGTAATGAAAGGAAAACATGCAGAGAAGAACAAAATAATAAATGGTAACCAAACAATAACACTATCTTTTATAATATATTTGATTAAATAAATCAACTTTTAATAATAATACTAGATATAATTTATACATAATGAATTTGACACTAATTTTAAAATATATTTTTGAATGAATTTAAATATTTAATGTTAAAAATTAATAATTTATATTAACCTATTATAGATTATAGTAATTTTTTATTTGTTATTTATGATATAAACATCTCTTAAATATGTTTTACTATCCATACAAATTTTAAATAATGTATAGTAAGCTTTTTTAACATGAAATTCATATCAAAAATATTTTTTAATGTCAATACATGATAAAAATATGAAAAATATTATATTATGAGATTAAAATATTATTAATAAATAATTTTTTATTTTAAAATAAAAAACGAATTTAAATATTTGTTCTTTTTTTTGTTCCATTTGTTCCTCATCAATTTTGGGGAGGAACATTTTTGTTCTATTGTTCCTCATTTTGTGAGGAATGTAGAGAAATGATGTGGAAAAATGATTTCTTGTAAATGGTAAAAAAATTGAGGAATGAAGAGGAATGTCACATTCCTTCTCATTTTTTTCCTAAATCATGGTTACCAATCGAGGCCTAT

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