Plant MITE

SE4530021

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_3109
Cannabis sativa
SE4530021
hAT
Hat5
scaffold10977:6065-6681
GGTGTTAT
TTAGGGGTGTTCATTGGATCACATCCAAT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

GGTGTTA          T   --- G    AC       ATTTTA  - C  ATCCAGACCTGATCCAATCATATATTGGATGTTAGATTTTACCATCCGATCAGATCCAATTAAATTCCGTCATCTAATCGATCCAATATCCATTGGATGTTGAATTGGATCGGTTCTATCCATTTGATGTATTTCATATATATATATTTATTTGTTTAATTTTGGTTTATTCAATATTTTAGACCTAGTATTTTTTGGATCAGATCGGATCCATCCAATATTTTAGATCCAGTATGTATTAGATTGGACTGGATCCATCCA
       TTAGGGGTGT CAT   T GATC  ATCCAAT      AG G CT                                                                                                                                                                                                                                                                     
       |||||||||| |||   | ||||  |||||||      || | ||                                                                                                                                                                                                                                                                      
       GATCCCCACA GTA   A CTAG  TAGGTTA      CT G GT                                                                                                                                                                                                                                                                     
TATTGTG          C   TTT G    GT       ----CT  T -  TGGCTAGGTTAATGTTAGCTGGTGGTTTGTAACCTATAGGTTAACACTAGTCCATCCTAACCTACAATAAAAATTTATAGGTTAACCTAGTCTAGCCTACCACCTACCCCACAAATTTTTAGGTTATGTAGATTGTAGGTTAGCTTGATTAATCATAAAAATAAATCAAACCTACTCATTAATCTAAAATATAACAATATGCAGTTTAGATATACATATATACTGTTAATTGTAATTTCAAAATGAGAAAAAAAGAACCTA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE4530021

GGTGTTATTAGGGGTGTTCATTGGATCACATCCAATATTTTAAGGCCTATCCAGACCTGATCCAATCATATATTGGATGTTAGATTTTACCATCCGATCAGATCCAATTAAATTCCGTCATCTAATCGATCCAATATCCATTGGATGTTGAATTGGATCGGTTCTATCCATTTGATGTATTTCATATATATATATTTATTTGTTTAATTTTGGTTTATTCAATATTTTAGACCTAGTATTTTTTGGATCAGATCGGATCCATCCAATATTTTAGATCCAGTATGTATTAGATTGGACTGGATCCATCCAATCCAAGAAAAAAAGAGTAAAACTTTAATGTTAATTGTCATATATACATATAGATTTGACGTATAACAATATAAAATCTAATTACTCATCCAAACTAAATAAAAATACTAATTAGTTCGATTGGATGTTAGATGTATTGGATTTTTAAACACCCCATCCACCATCCGATCTGATCCAATTGGATATTTAAAAATAACATCCAATCCTACCTGATCACAATTGGATATCCAATGTTTGGTGGTCGATTGTAATTGGATCGGTTGGTTCTCATTGGATTGGATCGATTTATGCACACCCCTAGGTGTTAT

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