Plant MITE

SE4530090

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_3178
Cannabis sativa
SE4530090
hAT
Hat17
scaffold20447:9045-9804
CCCTTAAC
TAGGGGTGT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

CCCTTAAC         -------------T  -   -   ----    C  ----- CC CC       AATAAACCGCCCAAACCAAACCGAATAAACTAACAAAAAATACAACCCGAAATAATACAATGAAAATCCAAACCGCCCAATGAATATATTGGGTGGTTTACAAATTATTATAAACCTCCCAATTAACTTGAATAAACCGAATTAAACCGATTTATATATTTTTTGATAAAAGTGTATATCTTATATTATATAAATTACATTTATTAGTTAAACTATTTTGTATTTAAAGTTTGAACATTTTAATTTTTAACTTAAAACTTAGATTTTATAGTTAATAAGTTTTAGTGTATTTGGATATTGAAGTTAAAGTTTAAAATTTATACC
        TAGGGGTGT              CA ATA AAA    TTTA AA     A  G  CAACCCG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
        |||||||||              || ||| |||    |||| ||     |  |  |||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    A
        ATCCCCACA              CT GCC AAT    TATA AA     T  T  GGGTTAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
CAATTCCC         TGCAGCCAGCCAAA  A   C   ATCG    -  AATAA -- --       ATTTATAGCCCAACGTTTATAAATTAGCATTAGGCAGGTTACTTTTAAATCTTTTTCAAGTTGGGCGGCTTACTAAAACAGCTAAACCAGCCCAATTGGGCAGGTTTGGCAACAAGTGAAATAAATATATTGACAATAACAATCAAAGATGATAAGTTTATTAATCTAAAAAATTTTTTTTTTTTTGTTAATTTATGTATTTTTTTTTATATAATAAATATAAAGTTCGATTTTTTACAATATCAAATTTAATTAAAATTCTCGAAATTATATTCTATTTATATTAACTCATTTGTATTTTATTATTATTTTTTTCACTGTTAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE4530090

CCCTTAACTAGGGGTGTTCAATAAAATTTACAAACCGCCCAACCCGAATAAACCGCCCAAACCAAACCGAATAAACTAACAAAAAATACAACCCGAAATAATACAATGAAAATCCAAACCGCCCAATGAATATATTGGGTGGTTTACAAATTATTATAAACCTCCCAATTAACTTGAATAAACCGAATTAAACCGATTTATATATTTTTTGATAAAAGTGTATATCTTATATTATATAAATTACATTTATTAGTTAAACTATTTTGTATTTAAAGTTTGAACATTTTAATTTTTAACTTAAAACTTAGATTTTATAGTTAATAAGTTTTAGTGTATTTGGATATTGAAGTTAAAGTTTAAAATTTATACCATATTGTCACTTTTTTTATTATTATTTTATGTTTACTCAATTATATTTATCTTATATTAAAGCTCTTAAAATTAATTTAAACTATAACATTTTTTAGCTTGAAATATAAATAATATATTTTTTTTTATGTATTTAATTGTTTTTTTTTTTTTAAAAAATCTAATTATTTGAATAGTAGAAACTAACAATAACAGTTATATAAATAAAGTGAACAACGGTTTGGACGGGTTAACCCGACCAAATCGACAAAATCATTCGGCGGGTTGAACTTTTTCTAAATTTTCATTGGACGGATTACGATTAAATATTTGCAACCCGATATTTATATTGGGTTAATAAAAATATGCTATAACCCGATCAAACCGACCGACGTACACCCCTACCCTTAAC

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