Plant MITE

SE4620039

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_3290
Eucalyptus grandis
SE4620039
Mutator
M1
scaffold_698:691-1224
TAAAAAATA
TAGGGTTAATACTCTGAAAAACCTCAAACTGGTATACCTGTAACAAATTTATCCCAAACTACTTTTTTGACCACCAAAAACCCCAAACTGGTATACC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TAAAAAA                        C            C   A            C      C           CC                    -  TTTAA           AAA    TA  ------CT   -     ATTTACCCTATGTTAGTTTTTATTAAATTTTATTGTCAAATTATTAAGTTAAATGACACGTGATAGTTGATTAATATACCAATTTGGGATTTTACGCTTTGTTTGTCACAATTTACAATTTTT
       TAGGGTTAATACTCTGAAAAACCT AAACTGGTATAC TGT ACAAATTTATCC AAACTA TTTTTTGACCA  AAAAACCCCAAACTGGTATA CC     TAAATTTACCC   ACTA  CA        TGT GACAA                                                                                                                           
       |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||     |||||||||||   ||||  ||        ||| |||||                                                                                                                            
       ATCCCAATTATGGGACTTTTTGGG TTTGACCATGTG ACA TGTTTAAATGGG TTTGAT AAAAAACTGGT  TTTTTGGGGTTTGACCATGT GG     GTTTAAATGGG   TGAT  GT        TAG ATTTG                                                                                                                           
ATAAAAA                        A            T   C            T      T           AC                    A  -CACC           -GC    TG  ATTTTTTT   G     ACCATATAAGTACTGTTTAAATAGGATTTGATTAAATAAGCTGATGTTTTTTTTGAGATTTAACTATTTAAATACTGTTTATATGGGAGGCGATTTAAGTTAATTATGTTTTTTTTTTTAGTG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE4620039

TAAAAAATAGGGTTAATACTCTGAAAAACCTCAAACTGGTATACCTGTAACAAATTTATCCCAAACTACTTTTTTGACCACCAAAAACCCCAAACTGGTATACCTTTAATAAATTTACCCAAAACTATACACTTGTGACAAATTTACCCTATGTTAGTTTTTATTAAATTTTATTGTCAAATTATTAAGTTAAATGACACGTGATAGTTGATTAATATACCAATTTGGGATTTTACGCTTTGTTTGTCACAATTTACAATTTTTGTGATTTTTTTTTTTGTATTAATTGAATTTAGCGGAGGGTATATTTGTCATAAATTTATCAATTTAGAGTTTTTTTTGTAGTCGAATAAATTAGTTTAGGATAAATTTGTCATGAATATACCAGTTTAGGATTTTTTTTATGGTTAGTCGGGGTAAATTTGCCACGGATGTACCAGTTTGGGGTTTTTCATGGTCAAAAAATTAGTTTTGGGTAAATTTGTCACATGTGTACCAGTTTAGGGTTTTTCAGGGTATTAACCCTAAAAAATA

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