Plant MITE

SE3950083

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_3981
Vitis vinifera
SE3950083
PIF/harbinger
To18
chr2:3096020-3096736
TTA
AGGGTCTGTTTGGTTGTTGT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TT               G    --        ACTATTCTGGAAAACAGTTTTTGAGAATAGTTTTTAAGAACAATTTTTTGTATATTAAGAAGAAAAAAAAATTGTATTTGGGAACTGAATTCTGTAAAACAGTTTTTGTTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTTGGTTCAGTTAATAAAAAAGTTTTTTAGAATAAGTAAAACAAAAAACATATTTGAAAGTTATTTTTTTTAATTAATAAAGTGTTTTCTTCCATTAACTTGATATTATAAATGCATAATAATTTTCATATGCACAATTCATTTAAATTAAAAAAAAATTATTCCATTTTGAAATTTTTAAACCAATTATAATT
  AGGGTCTGTTTGGTT TTGT  TTTTGAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
  ||||||||||||||| ||||  ||||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T
  TCCCAGACAAACCAA GACA  AGTTCTTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
AT               G    AA        ACAAAAGACAAGAACTTTTGTTTTTTGTGTTTTTTGAACAAACCCCTTCCCCCACACAAAAACAAAAAACACAAAAGGCACAAGAGTTTTTTCACCAAAAACTCTTATTATTTTTCTACAAAAGTAACAAAAAAGCGACAAGTTTCTTATCTAACAAAAAGCACAAAAGAGAAGAAAGAAAAACACAAAAGGATCGACAAAAAATACAAAAATGTTTCCACTCGAGGTGAGTTGATGGTGTGGGGATGGGTGTTCGGGAAAGAAGAAGGAATTTAATAACTTTAATTATATAAATGTGTACCAATGTTTTAGTAGTAAACAAATTCT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3950083

TTAGGGTCTGTTTGGTTGTTGTTTTTGAAAACTATTCTGGAAAACAGTTTTTGAGAATAGTTTTTAAGAACAATTTTTTGTATATTAAGAAGAAAAAAAAATTGTATTTGGGAACTGAATTCTGTAAAACAGTTTTTGTTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTTTGGTTCAGTTAATAAAAAAGTTTTTTAGAATAAGTAAAACAAAAAACATATTTGAAAGTTATTTTTTTTAATTAATAAAGTGTTTTCTTCCATTAACTTGATATTATAAATGCATAATAATTTTCATATGCACAATTCATTTAAATTAAAAAAAAATTATTCCATTTTGAAATTTTTAAACCAATTATAATTTTCTTAAACAAATGATGATTTTGTAACCATGTGTAAATATATTAATTTCAATAATTTAAGGAAGAAGAAAGGGCTTGTGGGTAGGGGTGTGGTAGTTGAGTGGAGCTCACCTTTGTAAAAACATAAAAAACAGCTAGGAAAACACAAAAAGAAAGAAGAGAAAACACGAAAAACAATCTATTCTTTGAACAGCGAAAAAACAATGAAAACATCTTTTTATTATTCTCAAAAACCACTTTTTTGAGAACACGGAAAACACAAAAAACAAAAACACACCCCCTTCCCCAAACAAGTTTTTTGTGTTTTTTGTTTTCAAGAACAGAAAACAGTTCTTGAAAACAGGAACCAAACAGACCCTTA

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