Plant MITE

SE3950085

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_3983
Vitis vinifera
SE3950085
PIF/harbinger
To19
chr12:6670197-6670932
TAA
AGAGCCCGTTTGGCAGTGATTTTTAAAAGTGTTT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TA             C         --TAA        -------CTACC           TTTTATGTGTTTTTGGGATGAAAATAAAGTGTTTGGCAAATTTTAAAAAACACTTTTAAAAATCTGGAAAAACACTTGAAGTGATTTTTAGAGAATCACTTGACAGGTGTTTTTTTAAAAAAAACACTTCAATTTTTTTGAAATATTCCAAAAATGCCCCCCAGTGATAAATCAATTAGAAAAATCTTTTTTTTATTTTATAGAAATTAATAGGTGGTCATATATTGTTTTACTTTTAAAATTATCTTTTATTCAATGTTTTTATTTATTTATTGATTTAGATGTTTTTTGTAAATATTTTTTAAAATTTT
  AGAGCCCGTTTGG AGTGATTTT     AAGTGTTT            CTTAAAAACAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
  ||||||||||||| |||||||||     ||||||||            |||||||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A
  TCTCGGGCAAACC TCACTAAAA     TTCACAAA            AAAAGACGATA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
AA             A         TCATC        AATAAACTTCAC           TCACAAAAACACTTTTTGTGAAAATATTATTAGTCTTTTTTACTAAGATTTCACAAAAACTATTATATAACATATTTATATTTTTGTGAAAATTATAATTATTTAATGATTTTTCCTGTATGTTAAAATTAATTTTTTTACCATACTATTTGTTTTTTTTGAAAAATAATTACTTTTTTGTAGATTTAGTGATTTTTTTATTGTAACTTATTTTCTATTAAAATTTTAATTTTGTTATATACTAATGGATAATTAAATATTATTTTTTTTCTGAAAAGATTAATTTTTATTATTAAAAAAATAGTGATATG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3950085

TAAGAGCCCGTTTGGCAGTGATTTTTAAAAGTGTTTCTACCCTTAAAAACACTTTTATGTGTTTTTGGGATGAAAATAAAGTGTTTGGCAAATTTTAAAAAACACTTTTAAAAATCTGGAAAAACACTTGAAGTGATTTTTAGAGAATCACTTGACAGGTGTTTTTTTAAAAAAAACACTTCAATTTTTTTGAAATATTCCAAAAATGCCCCCCAGTGATAAATCAATTAGAAAAATCTTTTTTTTATTTTATAGAAATTAATAGGTGGTCATATATTGTTTTACTTTTAAAATTATCTTTTATTCAATGTTTTTATTTATTTATTGATTTAGATGTTTTTTGTAAATATTTTTTAAAATTTTAGTATAGTGATAAAAAAATTATTATTTTTAATTAGAAAAGTCTTTTTTTTATTATAAATTAATAGGTAATCATATATTGTTTTAATTTTAAAATTATCTTTTATTCAATGTTATTTTTTTAGTGATTTAGATGTTTTTTCATTAATAAAAAGTTTTTTTTGTTTATCATACCATTTTTTTAATTAAAATTGTATGTCCTTTTTAGTAATTTATTAATATTAAAAGTGTTTTTATATTTATACAATATATTATCAAAAACACTTTAGAATCATTTTTTCTGATTATTATAAAAGTGTTTTTCACAAAAACACTATAGCAGAAAACACTTCAAATAAAAACACTTCTACTAAAATCACTACCAAACGGGCTCTAA

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