Plant MITE

SE1930017

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_4060
Lotus japonicus
SE1930017
hAT
Hat10
LjB05J10:85031-85616
TCAACCAC
TAGGGGTGTA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TCAACCAC          --     -  CG             TTAGGATGATAAAATGTCCGAACCAATTAAACATGTTCGATTTGGGTTGGTTCGGTTTTCATGATCCTTACTTCTAAATCCGAACCAAACCAACCCGATCTCAATCGGATTGGTTCGGTTCGGATGTTCGGATTTGAAATAAAAAAAATAACATTTTGAAATATGCATGAAAATTATTCTAAAACCGTGAAAAAATATAAATAATATATAAAATCCAACATTTTTAAAGAACAAAACATTCGATAATGACAT
        TAGGGGTGTA  ATCGG AC  GATTGGTTCGGAT                                                                                                                                                                                                                                                            
        ||||||||||  ||||| ||  |||||||||||||                                                                                                                                                                                                                                                            A
        ATCCCCACAT  GCCCA AC  CAGGCTAGGCGCT                                                                                                                                                                                                                                                            
CACCAACT          TC     T  --             TAGTCTAATTTGGATAGGCTTGGCTTGTCTAATACCACCCAACCTAACCTAGTAACCAAGCCAAGCCTAAAAAAAATGACTTAGGCTAGTGATAGCCAAGCCCATAGTCTAAATCCCTAACTTTTTGGCTAGTTAGGCTTGGTTGGGTTACTTAACTCTTAACAAAATGTAATTCGAGTTTGTTAAAGTCGGATAATGTAATGTATAAATATAAACATAATCTCTACAATCAAAATAAATCTAATATACCTA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE1930017

TCAACCACTAGGGGTGTAATCGGACCGGATTGGTTCGGATTTAGGATGATAAAATGTCCGAACCAATTAAACATGTTCGATTTGGGTTGGTTCGGTTTTCATGATCCTTACTTCTAAATCCGAACCAAACCAACCCGATCTCAATCGGATTGGTTCGGTTCGGATGTTCGGATTTGAAATAAAAAAAATAACATTTTGAAATATGCATGAAAATTATTCTAAAACCGTGAAAAAATATAAATAATATATAAAATCCAACATTTTTAAAGAACAAAACATTCGATAATGACATAATCCATATAATCTAAATAAAACTAACATCTCTAATACAAATATAAATATGTAATGTAATAGGCTGAAATTGTTTGAGCTTAATGTAAAACAATTCTCAATTCATTGGGTTGGTTCGGATTGATCGGTTTTTCAATCCCTAAATCTGATACCCGAACCGATAGTGATCGGATTCAGTAAAAAAAATCCGAACCGAACCAATGATCCAATCCAACCCACCATAATCTGTTCGGTTCGGATAGGTTTAATCTGATTCGCGGATCGGACCATACCCGCTTACACCCCTATCAACCAC

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