Plant MITE

SE1930069

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_4112
Lotus japonicus
SE1930069
hAT
Hat11
CM0760:62156-62867
GTCCCCTG
CAGTGACGGATCCA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

GTCCCCTG   T          ----  -    -       GTGGGGGCAATATGCGCATAAAAATTTCAAGCAGTAAAAATATAACATATAACTATTAAAAAGTTTGAAGGTTGTCAAAAAAAAACTATTAAAAAGTTTGATAGAATAAAAAATAAACGCCCCAATAAAATTTTAAATATTCACTATTCAATTAGTTTCAGAATATTATAAATATAAATATGTGAATATTATTAATTTATCTTATTATATGTTTACAAACCTTCTTCGCATGAGGTAATTTTTAAGCACGTATCACTTTAACTAACCACCTATTGATATTATCAATTTATAAAACACTATAGCACCTAAGAAAATCAC
        CAG GACGGATCCA    GA AATT TTATGTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
        ||| ||||||||||    || |||| |||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
        GTC CTGCCTGGGT    CG TCGT TACCCCG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
GTCCCCTG   C          GCAA  A    A       TTTACTGGGGTGCAGAAAAAATGACCATGAAGTATGATATAGTATTTTAGTATTTTATCCTTATTTTGTAATGTTACGGGGGTGTATAAATTACTTACGGGGGTATGAAACAGTTAAAATGGAGATCACGGTAACTTTCTAGTTAAAAACAACACAACTAGGTGATGTAAAATGAACAGGTGAAATATCTTCTCCGACCCTAACGGTTAATTATTACACTTATTTGGCACTGTTACCAGTTACCCAGGACTCAAAAAAAACAAACCAATGTGAAATTTTTACTCATGACCAAAGATCAAACAAAAAATAACAGAAAAA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE1930069

GTCCCCTGCAGTGACGGATCCAGAAATTTTATGTCGTGGGGGCAATATGCGCATAAAAATTTCAAGCAGTAAAAATATAACATATAACTATTAAAAAGTTTGAAGGTTGTCAAAAAAAAACTATTAAAAAGTTTGATAGAATAAAAAATAAACGCCCCAATAAAATTTTAAATATTCACTATTCAATTAGTTTCAGAATATTATAAATATAAATATGTGAATATTATTAATTTATCTTATTATATGTTTACAAACCTTCTTCGCATGAGGTAATTTTTAAGCACGTATCACTTTAACTAACCACCTATTGATATTATCAATTTATAAAACACTATAGCACCTAAGAAAATCACAAAAAGACAATAAAAAACAAACTAGAAACCAGTACTCATTTTTAAAGTGTAACCAAACAAAAAAAACTCAGGACCCATTGACCATTGTCACGGTTTATTCACATTATTAATTGGCAATCCCAGCCTCTTCTATAAAGTGGACAAGTAAAATGTAGTGGATCAACACAACAAAAATTGATCTTTCAATGGCACTAGAGGTAAAATTGACAAAGTATGGGGGCATTCATTAAATATGTGGGGGCATTGTAATGTTTTATTCCTATTTTATGATTTTATGATATAGTATGAAGTACCAGTAAAAAAGACGTGGGGTCATTTGCCCCATATGCTAGCAACGTGGGTCCGTCCCTGGTCCCCTG

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