Plant MITE

SE1930132

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_4175
Lotus japonicus
SE1930132
hAT
Hat32
CM0096:485705-486291
GTCTCAAC
ACCAGTGTTATCAGACTCGGACC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

GTCTCA           C            G     G CTCG    AG   --   GGTTAAT  GTCAATGGTTCAACCACTGGGTCATTGGTTCGATTGCTTGACTCGGTTTATATTAAAAAATTATAATAATTTAAAATATAACCTTAGTATATCATATATATAAAATAGTATGCATTCTTCTTAACAAGAAGCAAAGTAGTGTAGTGGCAATTTGGATTAGCTTTCCTCCTTTTAGGTCATGTGTTCAAGTCCTAGCTATGACAATTTTTTTAAATAACTCTCAATTGAATATCATTT
      ACCAGTGTTAT AGACTCGGACCG TGATC A    GTCG  ATA  CTA       GA                                                                                                                                                                                                                                             
      ||||||||||| |||||||||||| ||||| |    ||||  |||  |||       ||                                                                                                                                                                                                                                              
      TGGTCACAATA TTTGAGCCTGGC CTGGC C    GGCC  AAG  GGC       CA                                                                                                                                                                                                                                             
CAACTC           T            -     - ----    --   CT   -------  ACTTGGCCCTTGGCCTGGGAACTGGCCAGGCTCGGTAATTTACCTAGCTGGTACGTTTAGTTGGCCATACTTGGCCAAACCTGGCCGGACAAGTCCCTTATTTGGCCGCTGAGCCGGCCAAAATCACCTGGCCAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGACAAAAACGGAAAAAAAACAGTTTTGACAAAAATTACAAGTTTGACATTAATTAAATGTAAGTTACAATTAATAAACCAG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE1930132

GTCTCAACCAGTGTTATCAGACTCGGACCGGTGATCGACTCGGTCGAGATACTAGGTTAATGAGTCAATGGTTCAACCACTGGGTCATTGGTTCGATTGCTTGACTCGGTTTATATTAAAAAATTATAATAATTTAAAATATAACCTTAGTATATCATATATATAAAATAGTATGCATTCTTCTTAACAAGAAGCAAAGTAGTGTAGTGGCAATTTGGATTAGCTTTCCTCCTTTTAGGTCATGTGTTCAAGTCCTAGCTATGACAATTTTTTTAAATAACTCTCAATTGAATATCATTTGACCAAATAATTAACATTGAATGTAAATTAATTACAGTTTGAACATTAAAAACAGTTTTGACAAAAAAAAGGCAAAAACAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGACCGGTCCACTAAAACCGGCCGAGTCGCCGGTTTATTCCCTGAACAGGCCGGTCCAAACCGGTTCATACCGGTTGATTTGCATGGTCGATCCATTTAATGGCTCGGACCGGTCAAGGGTCCGGTTCCCGGTTCAACCGGTCGAACCGGCCGGTCCGGTCCGAGTTTTATAACACTGGTCTCAAC

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