Plant MITE

SE1930157

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_4200
Lotus japonicus
SE1930157
hAT
Hat23
LjSGA_031261:88-727
TTTGTGCT
GTGCTTAGGGGTGGAA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TTT    --T           --    GT  A -      TTTGCGTGGCCCAAGCTTGGCATGCATTGTGTTTTCATGGCCTAAGCTTGGCTTGTGGCCTGTCAACAAGCCAAATTTTAAGGCTTGGCTTGGCTTATTATAAAGTCTGGCTTGGCCTACTAGCCTACTTAAAAGCCTATTTAACAGACGTCAGACAATTTCATCTAAAGAATGTCGATAGACTGACGGGCTAATAGGCCAACGAGCTAATAAGCTTTTTTTATATATCATTGCAATTCCTTTTCAAATAAATAAAAAACCTATATATCATTGCATTTCAAAGAA
   GTGC   TAGGGGTGGAA  ACAA  CA G CCAAGC                                                                                                                                                                                                                                                                                             
   ||||   |||||||||||  ||||  || | ||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                              
   CGTG   ATCCCCACCTT  CTCG  TT C GGCGGG                                                                                                                                                                                                                                                                                             
  T    TTT           TA    --  - C      TTGTCCCCGAACACCGAACGAGCAGACTCGAATGGAACCGAACCGAGCAAATAAATTATTCGACCCGAATTCGAAAAATTTTCCGAATTAATTGATTTTTCTAATTCGAGTTCGATAGTATTTTCGGATAAACCGAACTATCCGGCTGAACAATACCTAAATAAACCCTAATTCTGAATAATAATAACCAAAATAAATATACAAACTGAACTCTGCATAATAATAATTTATTAAACAAATACAAATTAAAATCAAAAAAAAAACAAAATTTATTGACTCTAAAAC

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE1930157

TTTGTGCTTAGGGGTGGAAACAAGTCAAGCCAAGCTTTGCGTGGCCCAAGCTTGGCATGCATTGTGTTTTCATGGCCTAAGCTTGGCTTGTGGCCTGTCAACAAGCCAAATTTTAAGGCTTGGCTTGGCTTATTATAAAGTCTGGCTTGGCCTACTAGCCTACTTAAAAGCCTATTTAACAGACGTCAGACAATTTCATCTAAAGAATGTCGATAGACTGACGGGCTAATAGGCCAACGAGCTAATAAGCTTTTTTTATATATCATTGCAATTCCTTTTCAAATAAATAAAAAACCTATATATCATTGCATTTCAAAGAACAAAATCTCAGTTATTTAAAACAAAAAAAAAACTAAAATTAAACATAAACAAATTATTTAATAATAATACGTCTCAAGTCAAACATATAAATAAAACCAATAATAATAAGTCTTAATCCCAAATAAATCCATAACAAGTCGGCCTATCAAGCCAAATAGGCTTTTATGATAGCTTGAGCTTAATCTTTTTAGTTAATTAAGCCTTTTAAAAAGCTTAAGCCCAGCTTATTAAATAAACGAGCCAAGCCAAGGTAAGCTCAGACGAGCAAGCCACAAGCCCCTGTTGGGCGGCCTTGCTCATTTCCACCCCTATTTGTGCT

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