Plant MITE

SE1930160

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_4203
Lotus japonicus
SE1930160
hAT
Hat5
CM0131:262689-263420
GTTGCTTC
GCTTCTAGGGATGGCAATGGGT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

GTT  TT                  -      CCCATAGGGTACCCGTAAAAAATACCCACGATGGGTAGGGTAAAAACCCGCTAGATGGGAATGAGGTTGGGTATGAGTAATTACCCGCAAAAGATAGTGGGTATGGGTGCGGGCATGGGTACTATAGTACCCAACCCGCCCCATACCCGCACACACATATTATTATTATTATTATTTAGTAATATATGAACAAATTAACTTAAGCTATAACTTTCAAACTTACTTATTTTAAAAAATTGGTGAGTATTTAAGGTATTCATAATCATTGCTAATTTACTCCCACTTATTTTTGAATTAGTAAGTTAATAACCTACAACTTTAGGACTACATTATA
   GC  CTAGGGATGGCAATGGGT CTCGTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
   ||  |||||||||||||||||| ||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              A
   CG  GATCCCTACTGTTACCCA CCCATG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
CTT  TT                  T      ATATCATGGGTAGGGGTATGGGCGCAAAAATTTTTAATGGACATGGGCAGGGGTATGGGCGCACCCATCGTTGAACTTACGGGCAGGGGCATGGGAAACCCATGGATATATGGGCATGGGCATGGGTAATGGGCGTTAAATCGATTGGTTTTATATAAAAAGTGATAGAAAAAATTATCTTTTGTTTTTTATGTTGATTGAAAAAATTTATTTTTTATGATTATATTTATGTTTTCTAATACGTTTATGAATTGTTTATTTTAGTAAGTTGATTCTTATAAAGAAAAATCTTGCTTATTCGTTCTTTCTATATCGAAATTAAAAATTAAAACCT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE1930160

GTTGCTTCTAGGGATGGCAATGGGTCTCGTACCCATAGGGTACCCGTAAAAAATACCCACGATGGGTAGGGTAAAAACCCGCTAGATGGGAATGAGGTTGGGTATGAGTAATTACCCGCAAAAGATAGTGGGTATGGGTGCGGGCATGGGTACTATAGTACCCAACCCGCCCCATACCCGCACACACATATTATTATTATTATTATTTAGTAATATATGAACAAATTAACTTAAGCTATAACTTTCAAACTTACTTATTTTAAAAAATTGGTGAGTATTTAAGGTATTCATAATCATTGCTAATTTACTCCCACTTATTTTTGAATTAGTAAGTTAATAACCTACAACTTTAGGACTACATTATAATCCAAAATTAAAAATTAAAGCTATATCTTTCTTGCTTATTCGTTCTAAAAAGAAATATTCTTAGTTGAATGATTTTATTTGTTAAGTATTTGCATAATCTTTTGTATTTATATTAGTATTTTTTATTTAAAAAAGTTAGTTGTATTTTTTGTTTTCTATTAAAAAAGATAGTGAAAAATATATTTTGGTTAGCTAAATTGCGGGTAATGGGTACGGGTACGGGTATATAGGTACCCAAAGGGTACGGGGACGGGCATTCAAGTTGCTACCCACGCGGGTATGGGGACGGGTACAGGTAATTTTTAAAAACGCGGGTATGGGGATGGGTACTATAGTACCCTACCCATTGTCATCCCTAGTTGCTTC

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