SE1930323

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_4366
  • Lotus japonicus
  • SE1930323
  • hAT
  • Hat5
  • CM0037:510363-511120
  • GATGGAAA
  • TAGGGATGGCAATGGGT

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3' 
GATGGAAA                 -    A      A        GTAAAAAA     - CTATGGGTAGGGTAAAAACCCGCTAGATGGGTATGGGATTGGGTATGGGTAATTACCCGCAAAAAGTAATGGGTATGGATGCGGGTATGGGTACTATAGTACCCAACCCGCCCCATACCCGCACACACATATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATAATAATAATATGAACAAATTAACTTAAGTTATAGCTTTCAAACTTACTTATTTTAAAAAATAGGTGACTATTTAAAGTATTCATAATCATTGCTAATTTACTCCCACTTAATTTTAAAATTAGTAAGTTAATAACCTACAACTTTAGGACTATAT
        TAGGGATGGCAATGGGT CTCG ACCCAT GGGTACCC        TACCC A                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
        ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||        ||||| |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   T
        ATCCCTACCGTTACCCA CCCA ACCCAT CCCATGAT        ATCAT G                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
AAAGGTAG                 T    G      -        --------     A GTAGGGGTATGGGCGCAAAATTTTTTCATGGACATGGGCAGGGGTATGGGCGCACCCATCGTTGAACTTACGGGCAGGGGCATGGGAGACCCATGGATATACGGGCATGGGCACGGGTAATGGGCGTTAAATCTATTGGTTTTATATAAAAAGTGATAAAAACAATTATCTTTTGTTTTTTATGTTGATTGAAAAATTTATTTTTGTGATTATATTTATGTTTTCTAATAGATGCATTGTTTATTTTAGTAAGTTGATTCTTATATAAAAAAATCTTGTTTATTCGTTCTTTCTATATTGAATTAAAAATTAAAACCTAAATA
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MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End

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