Plant MITE

SE1930423

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_4466
Lotus japonicus
SE1930423
hAT
Hat4
LjSGA_072049:366-1154
GTTAGAGG
AGGTAGGGGTGGGAATAG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

GTTAG  G               AACA    GTTC      ------   TATGGCCTAGCCTACCACAGGTCCAGGCCAGGTCAGACCAAATCGATAAATAGGCAAGGCTTAGACTTTTTGAAAAGTCTATTTAGTTAAAAAGGTCAGGCTCAAGCCATTCAAAAAGCCTTTTAAGCCTTATAGGCTAGCTTATTTAAGTAAAAATGATTAGTATTTTGTGGTACATTGTAAATATGATTAGTATAAATATATTTTACCATTGATGATATCTATATATTAGAAATTTATTATAATATCTTAATATTATATACTTATTGACATTTTTATATATTTAAGCAAATTGACTTATATAATGACTTAAAGTTATAAGTCTATTTATAAATATATCATATAACAC
     AG TAGGGGTGGGAATAG    GACC    GTAGGG      GCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
     || |||||||||||||||    ||||    ||||||      |||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
     TT ATCCCCACCCTTATC    CCGG    TCCATC      GCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
GGAGA  G               AGAC    ---A      CGAAAC   TTTATCCAGACCGGACAAATTTTTAGAATTCCGGATTCAGACTGGACACCGGACAGTTTTCGAAAAAAAGTCCAGACCGGACCGTAAGAGCTTTCAGACTGAAACGGACTATCGGATAAACTTACGGGCAAAGTGTTGTTCTCAAAATGCAAATGATTGTTTGAATAAACATGTTTTCGATAGTTTGAATATTCGAATGCTCAATTTAATATGATTTTATTAAAAAAAGTTGTTAGTCTGAGTATTATAATATTCGATGATCCATCTCTACTTTGATTTGCTCTAATACAACCAAAGAATCTCAGCCTCTCGGTTAAATTTTAGTGTGAAGTATAATTCCATAAATTTA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE1930423

GTTAGAGGTAGGGGTGGGAATAGAACAGACCGTTCGTAGGGGCCTATGGCCTAGCCTACCACAGGTCCAGGCCAGGTCAGACCAAATCGATAAATAGGCAAGGCTTAGACTTTTTGAAAAGTCTATTTAGTTAAAAAGGTCAGGCTCAAGCCATTCAAAAAGCCTTTTAAGCCTTATAGGCTAGCTTATTTAAGTAAAAATGATTAGTATTTTGTGGTACATTGTAAATATGATTAGTATAAATATATTTTACCATTGATGATATCTATATATTAGAAATTTATTATAATATCTTAATATTATATACTTATTGACATTTTTATATATTTAAGCAAATTGACTTATATAATGACTTAAAGTTATAAGTCTATTTATAAATATATCATATAACACATTTAAATACCTTAATATGAAGTGTGATTTTAAATTGGCTCTCCGACTCTAAGAAACCAACATAATCTCGTTTAGTTTCATCTCTACCTAGTAGCTTATAATATTATGAGTCTGATTGTTGAAAAAAATTATTTTAGTATAATTTAACTCGTAAGCTTATAAGTTTGATAGCTTTTGTACAAATAAGTTTGTTAGTAAACGTAAAACTCTTGTTGTGAAACGGGCATTCAAATAGGCTATCAGGCAAAGTCAGACTTTCGAGAATGCCAGGCCAGACCTGAAAAAAAGCTTTTGACAGGCCACAGGTCAGACTTAGGCCTTAAGATTTTTAAACAGGCCAGACCTATTTACGCAAAGCCTACCTAGGCCCAGACTATTCCCACCCCTAGTTAGAGG

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