Plant MITE

SE1930438

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_4481
Lotus japonicus
SE1930438
hAT
Hat49
LjT48H14:35545-36161
AAAAAGAG
TAGGGATGTCA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

AAAAAGAG           GAATTA    ----  C      ATACCCGCGGATAAAAACCCGCTATGGGTAAAATTACTCATGCCCACGAGTATCCACGGATTTATTTCATGGATATTTTCACTATCCGTTTATTAATGGGGCGGGTACGAATATTGATGTATTCATACCCACGGATACCCACCCGATATATAAAATACTAAAATATCTTTTATATGTATATACATAGATGTATATTAAATATCTAATGAATTTGTGTTTGAGTTATAGTTCTCTTTCAAGTAAACTTATACAATGGTAATGGTAAAAAGAA
        TAGGGATGTCA      TCCA    CA CCGTGG                                                                                                                                                                                                                                                                               
        |||||||||||      ||||    || ||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                
        ATCCCTACAGT      CCCA    CA CCCGTA                                                                                                                                                                                                                                                                               
GAGGAAAA           ----TA    TACC  -      CCTATCATATATGGGTGTTGGGCGAGGTGTACATTTTTAAATATAAGTATGGGCGAGGTATGGGTGTACCTATAGGTAAATCACCCAAAATTGGCCTAAAATTTGATAACCACCTATAGGTACCTGTGGGCTGTGGGTACTTGTATTTACTTAAGTGTATATAAACAAGTTTTCTTTTAATACAATTTATATTTTAAATTGTAACCTGAAATGTCAGTTAGTTACACATTTCCTTTTATGAAGAAAAGATGAGAAAAAACCCAGATTCCTG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE1930438

AAAAAGAGTAGGGATGTCAGAATTATCCACACCCGTGGATACCCGCGGATAAAAACCCGCTATGGGTAAAATTACTCATGCCCACGAGTATCCACGGATTTATTTCATGGATATTTTCACTATCCGTTTATTAATGGGGCGGGTACGAATATTGATGTATTCATACCCACGGATACCCACCCGATATATAAAATACTAAAATATCTTTTATATGTATATACATAGATGTATATTAAATATCTAATGAATTTGTGTTTGAGTTATAGTTCTCTTTCAAGTAAACTTATACAATGGTAATGGTAAAAAGAAGTCCTTAGACCCAAAAAAGAGTAGAAAAGAAGTATTTTCCTTTACACATTGATTGACTGTAAAGTCCAATGTTAAATTTTATATTTAACATAATTTTCTTTTGAACAAATATATGTGAATTCATTTATGTTCATGGGTGTCGGGTGTCCATGGATATCCACCAATAGTTTAAAATCCGGTTAAAACCCACTAAATGGATATCCATGTGGGTATGGAGCGGGTATGAATATAAATTTTTACATGTGGAGCGGGTTGTGGGTATATACTATCCATGCCCACCCATACCCATTGACATCCCTAAAAAGGAG

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