Plant MITE

SE0220137

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_4654
Arabidopsis lyrata
SE0220137
Mutator
M10
scaffold_6:22375762-22376382
ATAAATTAA
GAGA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

  ATAAATTAA    AATTCCTAA              C     -  A  GA   T        ACACTCCAT   C     A           GTT     ----ACTA    TGTTTTTGTTCTAAAATTTTTATCACTAGCTTTTTTTTTCAATAATACCACAATTTTTATATAAAAGCTATTCAACAAAATAAATTAGAAATAAATTTAAAATATTTATTTGGGTTCTCTATTTCCAATTTAGGGTATATATTTCTACCATTTAAAAGAGATTTTGATTTATTTTAATATTAGTTTATGGTATTATATTTGG
           GAGA         AAATGGCCCTAAAA AAATT TT TT  CAA AATAGCAC         AAA TTCCA AAATAGCACTA   AACTT        TTAG                                                                                                                                                                                                          
           ||||         |||||||||||||| ||||| || ||  ||| ||||||||         ||| ||||| |||||||||||   |||||        ||||                                                                                                                                                                                                           
           CTCT         TTTATCGGGGTTTT TTTAA AA AA  GTT TTATCGTG         TTT AAGGT TTTATCGTGGT   TTGAA        GAAT                                                                                                                                                                                                          
AATTAAATACC    --AACTGTG              -     C  A  AG   T        GAGTAAACT   C     G           -AT     GTTAATTT    TACTTTTATATTCTATCTTTTATTTTTTTTTTTCTCGTTTTTGATTAGATTATAATTTAACTTAATTTTAACAAAAATTTCTCACCTTTATATATGGGATTAAACCTTTATTCCTTGGGTTTATATTATGGTGTTTGATTATAATTTTATTTTTAGAGAAAATTTACCACTTTTATATATGGGATTTAACCTTTATCCCTTG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE0220137

ATAAATTAAGAGAAATTCCTAAAAATGGCCCTAAAACAAATTTTATTGACAATAATAGCACACACTCCATAAACTTCCAAAAATAGCACTAGTTAACTTACTATTAGTGTTTTTGTTCTAAAATTTTTATCACTAGCTTTTTTTTTCAATAATACCACAATTTTTATATAAAAGCTATTCAACAAAATAAATTAGAAATAAATTTAAAATATTTATTTGGGTTCTCTATTTCCAATTTAGGGTATATATTTCTACCATTTAAAAGAGATTTTGATTTATTTTAATATTAGTTTATGGTATTATATTTGGGTTCCCTATTTCCAATTTAGGGTATATATTTTCACCATTTAAAAGAGATTTTTATTTTAATATTAGTTTGTGGTATTATATTTGGGTTCCTTATTTCCAAATTAGGGTATATATTTCCACTCTTTAAAAACAATTTTAATTCAATTTAATATTAGATTAGTTTTTGCTCTTTTTTTTTTTATTTTCTATCTTATATTTTCATTAAGTTTAATTGAAGTTTATGGTGCTATTTGTGGAACTTTTCAAATGAGGTGCTATTTTTGGAAAAAACAATTTTTTTGGGGCTATTTGTGTCAATCTCCCATAAATTAA

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