Plant MITE

SE0230165

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_4682
Arabidopsis lyrata
SE0230165
hAT
Hat40
scaffold_5:2607754-2608055
TGTGGATT
G

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

 T       C ---  GCCGGCTCAATTAATTTTGAGTCCCGGTACAAATCTTAAAATTTGGCCTATTTTCATACAAAAAAAAAAAAATTGGGCCTTTTTCATGTTAAAAAAAAACTTAAAAATTAACCACTTTCATACTAAATAAAATATTT
  GTGGATT A   GG                                                                                                                                         
  ||||||| |   ||                                                                                                                                         A
  AGGTGTG T   GG                                                                                                                                         
TT       - CAC  CCGCAAACCCCACACGTTCACCTCGTTAACATGGCCCAGGTTAAAAAAACCCATTTAAATTCCCGGGTTAAAAAAAAAAAAGCATATCTTTTTTTACATTAAAAATTTTGAAATTCTATATAAATAATATTTTTCGA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE0230165

TGTGGATTCAGGGCCGGCTCAATTAATTTTGAGTCCCGGTACAAATCTTAAAATTTGGCCTATTTTCATACAAAAAAAAAAAAATTGGGCCTTTTTCATGTTAAAAAAAAACTTAAAAATTAACCACTTTCATACTAAATAAAATATTTAAGCTTTTTATAATAAATATATCTTAAAGTTTTAAAAATTACATTTTTTTCTATACGAAAAAAAAAAAATTGGGCCCTTAAATTTACCCAAAAAAATTGGACCCGGTACAATTGCTCCACTTGCACACCCCAAACGCCGGCACTGTGTGGATT

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