Plant MITE

SE2230016

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_4739
Zea mays
SE2230016
hAT
Hat3
chr2:30178946-30179601
GCTGGGGG
CTGGGGGTAGAGATGGCAATGGGTACCCGC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

 G  G  GG                 ----      GA         --        ATTTACTCCATTAGGGTATGTATGTGGGCTAAATATTCTACCCGTGGGTCTGTTATTGGGCAAAAATCTTCACCCAATGGGTAAACGGGTATTAGAACGTTCCGTCTTCACCCATACCCGTTAACCCGTGGGTATAAAATACCCAATATAAACTTAGCCCAAGCATGAACTTTGACTTTAGTCATCTATCTTTTTTTACTATTTAACAACCTTTTAGGCCATAATGTCATAGAAGGCTTAACGACAAATTAATGACCATGTATTGGAACACGTAAT
  CT GG  TAGAGATGGCAATGGGT    ACCCGC  CCCAATACC  CAATGGGT                                                                                                                                                                                                                                                                                    
  || ||  |||||||||||||||||    ||||||  |||||||||  ||||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                     
  GG TC  ATCTCTACCGTTACCCA    TGGGTG  GCCCATAAT  TGGGGTAT                                                                                                                                                                                                                                                                                    
GG  G  -G                 TTTA      --         GA        GGGTATGGGTGCTGTGTTTTTATTGGGGTAGCCCAGTGGGTATATGTGATCGCCCATACCTAAATGGGGGTATGGGTATGGGTACACCCATACCCAGTGGGTAGCCCAGTGGGCATGGGTGTTTTCGATTTGTAGATAGTTTTATAATATACTATGTTTACAGTTTATATAGGTAGATTTATGGTAATGTTTTAAAGATCGTAGTAAATTGGTAGGTAAGTTGTGTGGTTTCTATTAATCTATTTCATCATTGTGATACTATCATGATGTATCGTG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2230016

GCTGGGGGTAGAGATGGCAATGGGTACCCGCGACCCAATACCCAATGGGTATTTACTCCATTAGGGTATGTATGTGGGCTAAATATTCTACCCGTGGGTCTGTTATTGGGCAAAAATCTTCACCCAATGGGTAAACGGGTATTAGAACGTTCCGTCTTCACCCATACCCGTTAACCCGTGGGTATAAAATACCCAATATAAACTTAGCCCAAGCATGAACTTTGACTTTAGTCATCTATCTTTTTTTACTATTTAACAACCTTTTAGGCCATAATGTCATAGAAGGCTTAACGACAAATTAATGACCATGTATTGGAACACGTAATGTGCTATGTAGTACTATCATAGTGTTACTACTTTATCTAATTATCTTTGGTGTGTTGAATGGATGGTTAAATGATGCTAGAAATTTTGTAATGGTATTTAGATGGATATATTTGACATTTGTATCATATAATATTTTGATAGATGTTTAGCTTTTGTGGGTACGGGTGACCCGATGGGTGACCCATACCCACATGGGTATGGGTATGGGGGTAAATCCATACCCGCTAGTGTATATGGGTGACCCGATGGGGTTATTTTTGTGTCGTGGGTATGGGTATGGGGTAGTAATACCCGGTGGGTATTTACCCATTGCCATCTCTAGCTGGGGG

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