Plant MITE

SE2230025

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_4748
Zea mays
SE2230025
hAT
Hat5
chr2:86752241-86752651
ACGATTTA
GATTTATAGGGATG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

AC    TA        G -       ATT   -    ATGTCAAATTTTTTGTCTTCTTTCTTCGATTATGAACAAATAACATATAGAATTTGCTATGTAAATTTATATTCTTGTTTTTAGCTTTGAGGCTATTAATCTTCACAAAAAATAAACACTAAATTCATTCTATATATTTTTAAATAATTAATATAAACTTCGGATGTCTAT
  GATT  TAGGGATG A TCCGGAT   TAT TCGG                                                                                                                                                                           
  ||||  |||||||| | |||||||   ||| ||||                                                                                                                                                                            
  TTAG  ATCCCTAC A GATTTTG   TAG CTGA                                                                                                                                                                           
AT    CA        A G       ---   G    ACATAGTGTTAGATTATAAAATCGTATCTATATGTATCTTGAATTTCGATTAAAAACCGTTACAATAATTCTTATAATACTTCATAAATTTATTTAAAAATATATTAAAAAATACATATAATAAAAGAGGGATCTTGTTTTTCCACTTTTTTGTAGGCTTAGGCATAAGCT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2230025

ACGATTTATAGGGATGGATCCGGATATTTATTCGGATGTCAAATTTTTTGTCTTCTTTCTTCGATTATGAACAAATAACATATAGAATTTGCTATGTAAATTTATATTCTTGTTTTTAGCTTTGAGGCTATTAATCTTCACAAAAAATAAACACTAAATTCATTCTATATATTTTTAAATAATTAATATAAACTTCGGATGTCTATTCGAATACGGATTCGGATGTTTTTTCACCTTTTTGTTCTAGGGAGAAAATAATATACATAAAAAATTATATAAAAATTTATTTAAATACTTCATAATATTCTTAATAACATTGCCAAAAATTAGCTTTAAGTTCTATGTATATCTATGCTAAAATATTAGATTGTGATACAAGTCGGATGTTTTAGGAACATCCCTAACGATTTA

Copy Cancel