Plant MITE

SE2230041

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_4764
Zea mays
SE2230041
hAT
Hat11
chr1:45947860-45948464
ACTGCAAG
TGCAAGTAGGGATGGCAATGGGTA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

AC    AG           A      C   AA     AAA --      ---   AAAAACCCTATTAGGGCACGGGTATGGCGGATTTTGATACCCATGGGTATTTTATTGGGTCATTTGTTATGCCCATCGGGTATGGTGGGCGTGGGTATGTTCTCTGTTGCCCCATACCCGCTACTCGATGGGGAACCCGCTAATATATGACATGTGGGTCCGGATTTATGTCTCATATAAAATGAATTTTCTCCCGATGGGTAAAAACCCTATTAGGGCACGGGTAGAATCAATGCTATGTTTTGTGTGATTT
  TGCA  TAGGGATGGCA TGGGTA CCG  ACTCG   C  CCGATG   GGT                                                                                                                                                                                                                                                             
  ||||  ||||||||||| |||||| |||  |||||   |  ||||||   |||                                                                                                                                                                                                                                                              
  ACGT  ATCCCTACCGT ACCCAT TCC  ATGGG   T  CCCGTG   TTC                                                                                                                                                                                                                                                             
GA    CA           C      -   --     --- CA      TAC   GGTATGGGTATGGATGATCCTTTTTTAACTGGGTATGGGTATGGGTGATGGGTAGTACCCATGTTTTAATGCGGTATGGGTATGGGTGGTACCCATCGCCCATAGGTAGCCCATGGGTATGGGTAATTGTAATGCTATCTGTACTAGTAAACTTAGCGTTTTTATTCATGGTCGTATTATTTACATAGTTTGGGTTGTATTAAAATAGTGTCCAAGTTGTTATAAGTTGTAATTTACTGTTATAGTACGGAAG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2230041

ACTGCAAGTAGGGATGGCAATGGGTACCCGAAACTCGAAACCCGATGGGTAAAAACCCTATTAGGGCACGGGTATGGCGGATTTTGATACCCATGGGTATTTTATTGGGTCATTTGTTATGCCCATCGGGTATGGTGGGCGTGGGTATGTTCTCTGTTGCCCCATACCCGCTACTCGATGGGGAACCCGCTAATATATGACATGTGGGTCCGGATTTATGTCTCATATAAAATGAATTTTCTCCCGATGGGTAAAAACCCTATTAGGGCACGGGTAGAATCAATGCTATGTTTTGTGTGATTTGAAGGCATGATATTGTCATTTAATGTTGAATATTGTTGAACCTGTGATAAAATTATGTTGGGTTTGATACATTTATTATGCTGGTACTTATTTTTGCGATTCAAATGATCATGTCTATCGTAATGTTAATGGGTATGGGTACCCGATGGATACCCGCTACCCATGGTGGGTATGGGTATGGCGTAATTTTGTACCCATGATGGGTAGTGGGTATGGGTATGGGTCAATTTTTTCCTAGTAGGTATGGGTATGGCTTCATGTGCCCACTGGGTACCTTACCCACTGCCATCCCTAACTGCAAG

Copy Cancel