Plant MITE

SE2050550

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_5752
Medicago truncatula
SE2050550
PIF/harbinger
To3
MtChr6:19106198-19106743
TAA
AGAGTGTGTT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TA          ---     --      - TGT   ---     AAT      TTTTAAGGAAATTCAAATACTTTGAGGTGAATTTCATTGTTTGGATAATAATTTGAAGGATTTTCAAAATGATGGAAATTTATGAAATATTTGTTCAAGTTAAATTCAGAGAATTTCAAATGACACCTAAAAGTTACGAATTTCAAAATTTTTCATTGCTATAATTTTTTAAATTTTGCATTTTGGTCCTCGAAATTTCAATTTGACCCAAATAAATTTATAAAAAA
  AGAGTGTGTT   TGGAT  GGAGGA A   TTT   GAGGG   GTAATG                                                                                                                                                                                                                                   
  ||||||||||   |||||  |||||| |   |||   |||||   ||||||                                                                                                                                                                                                                                   A
  TCTCACACAA   TGTTT  TTAACT T   TTA   TTTAT   TAAATT                                                                                                                                                                                                                                   
AA          ATC     CA      C ---   ATA     ---      TTAAGATACGTTAAATTTACTAAGTTAATTTAATGAAAGTAAAAAGTTAAGAAAACAAACCTACCTCATTATTTTTTTAAATAACAGTAGTAAAAACCTGTTGAAAATATTCAAAATTAAAAAAAACCCGGTTTAAATTTTTTACTTTAATCCCCAGTTAAACGTTTAAATTTTTTAAAACCCCCAGTTTAATATTAAAAACCTTTTAAACTCCCCAGTTAAACGTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2050550

TAAGAGTGTGTTTGGATGGAGGAATGTTTTGAGGGAATGTAATGTTTTAAGGAAATTCAAATACTTTGAGGTGAATTTCATTGTTTGGATAATAATTTGAAGGATTTTCAAAATGATGGAAATTTATGAAATATTTGTTCAAGTTAAATTCAGAGAATTTCAAATGACACCTAAAAGTTACGAATTTCAAAATTTTTCATTGCTATAATTTTTTAAATTTTGCATTTTGGTCCTCGAAATTTCAATTTGACCCAAATAAATTTATAAAAAAATTGCAAATTGACCCCTCAAATTTTCCAAAAATTATAATTTGACCCCCAAAATTTTTTAAATTTGCAAATTGACCCCTAATTTCATTTTTTAAATTTGGCCCAAAAAAAATTAAAACTTATAAAAGTTGTCCAAAAATGATGACAATAAATTTTTTTATTACTCCATCCAAACAAAAGAATTGAAAAATGAAAGTAATTTAATTGAATCATTTAAATTGCATAGAATTTTAAATTATTTATAATTTCTCAATTACTTTGTCTAAACACACTCTAA

Copy Cancel