Plant MITE

SE2020670

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_5872
Medicago truncatula
SE2020670
Mutator
M61
MtChr7:4817966-4818329
AATTTTTAG
GCTTATTCAATCACCCGATCCCTTAACTTAATTGATTGTCTTAATTTGGTCTCCTAACTATAATTGTACCGATTTGCTCCCTTATGCTTTGCTCTGTTACTAGTTTTAGTCCTTTATGTTAGTTTCTCTCAAAAAAACGTTAAC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

AATTTTTAG           C   C                                                 -   C       C         -C      C                 C   A                            --------TTATGT   AATTTGGTCCCTTAT
         GCTTATTCAAT ACC GATCCCTTAACTTAATTGATTGTCTTAATTTGGTCTCCTAACTATAATT GTA CGATTTG TCCCTTATG  TTTGCT TGTTACTAGTTTTAGTC TTT TGTTAGTTTCTCTCAAAAAAACGTTAAC              ACC               
         ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||              |||                
         CGAATAAGTTA TGG CTAGGGAATTGAATTAACTAACAGAGTTAAACTAGGGGATTGATATTAA TAT GTTAAAC AGGGGATAC  AAACGA ACAATGATCAAAATCAG AAA ACAATCAAAGAGAGTTTTTTTGCAATTG              GAT               
TTTTTAATA           A   C                                                 A   A       C         AA      A                 A   G                            TATTTTCTGATTTT   TGTTATCTCGTTTTG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2020670

AATTTTTAGGCTTATTCAATCACCCGATCCCTTAACTTAATTGATTGTCTTAATTTGGTCTCCTAACTATAATTGTACCGATTTGCTCCCTTATGCTTTGCTCTGTTACTAGTTTTAGTCCTTTATGTTAGTTTCTCTCAAAAAAACGTTAACTTATGTACCAATTTGGTCCCTTATGTTTTGCTCTATTGTTAGTTTTAGTCTTTTATGTTAACGTTTTTTTGAGAGAAACTAACAGAAAAGACTAAAACTAGTAACAAAGCAAAAACATAGGGGACCAAATTGATATAAATTATAGTTAGGGGATCAAATTGAGACAATCAATTAAGTTAAGGGATCCGGTAATTGAATAAGCATAATTTTT

Copy Cancel