Plant MITE

SE2030907

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_6109
Medicago truncatula
SE2030907
hAT
Hat35
MtChr5:23363496-23364244
CAAGAGGA
TAGGGGTGTACATGGGTTGGGT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

CAAGAGGA          ----------CA          AAATCCAAAAAACCC         ---    AAAAAA T    AAAA       ---------           ------      -   ATATGGTTTTAAAAAAATGAAAAAACCCATAAAAAATAATGATTTTGGGTAAAACCGAACCCATACCCAATAAACCAACTTACCCAATAATTTCCAAATTTTAATTTCATTTTCACAGGGAGGAAGAAGAATAACAAATGTTTTGATCATAAATTTAGTTTAATTTCTAAAATTGACACACCACATCCTCTATATTGAAAATAAAAAAGATATTAGAGTTACAAATTATGATGTTGCAATTTATAGTTACTTTGATGCTAAATCAATTT
        TAGGGGTGTA            TGGGTTGGGT               GTCAAACCC   ACCC      G ACCA    GTAGGGT         TGGGTTGGGTG      ATTGGG TGG                                                                                                                                                                                                                                                                             
        ||||||||||            ||||||||||               |||||||||   ||||      | ||||    |||||||         |||||||||||      |||||| |||                                                                                                                                                                                                                                                                             T
        ATCCCCACAT            ACCCAACCCA               CAGTTTGGG   TGGG      C TGGT    TATCCCA         ACCCAATCCAT      GGTGGG AAT                                                                                                                                                                                                                                                                             
AGGAGAAC          TCACCCAACTAA          ------------AAC         TTC    ------ T    ---A       TAAGGCCAA           TTTATA      C   TTAATTACCCACCCAAACCCGTTTGGGTGATTAAAAGCCAAACCAAACCCAACCCATCACCCAATGGGTTTAAAAATAAACAATTATACTTTACTGATTTGCTGCTCAGGAACATAAAAAAAGTATTTTTTTAAAGTTGAAAAATAAAAGAATTTTATTAATACATTGTATAAAAGTGATATAAAATCGTAGTATTTTATTATTTAAAATTATAATTTATTTTTTTAAACTAGTAGCTTATGAACTTTATTTAATTTCAACCTACTGCA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2030907

CAAGAGGATAGGGGTGTACATGGGTTGGGTAAATCCAAAAAACCCGTCAAACCCACCCAAAAAAGTACCAAAAAGTAGGGTTGGGTTGGGTGATTGGGTGGATATGGTTTTAAAAAAATGAAAAAACCCATAAAAAATAATGATTTTGGGTAAAACCGAACCCATACCCAATAAACCAACTTACCCAATAATTTCCAAATTTTAATTTCATTTTCACAGGGAGGAAGAAGAATAACAAATGTTTTGATCATAAATTTAGTTTAATTTCTAAAATTGACACACCACATCCTCTATATTGAAAATAAAAAAGATATTAGAGTTACAAATTATGATGTTGCAATTTATAGTTACTTTGATGCTAAATCAATTTTACGTCATCCAACTTTAATTTATTTCAAGTATTCGATGATCAAATTTTTTTATTTAATATTAAAATTTATTATTTTATGATGCTAAAATATAGTGAAAATATGTTACATAATTATTTTAAGAAAATAAAAAGTTGAAATTTTTTTATGAAAAAAATACAAGGACTCGTCGTTTAGTCATTTCATATTAACAAATAAAAATTTGGGTAACCCACTACCCAACCCAAACCAAACCGAAAATTAGTGGGTTTGCCCAAACCCACCCATTAATTTAACGGGTGGATATTTTACCTAACCCAAACCGGAATACCCTATATGGTTCGGGTCTTGGGTTTGACCAAACCCAACCCAAATCAACCCACTTACACCCCTACAAGAGGA

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