Plant MITE

SE2020912

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_6114
Medicago truncatula
SE2020912
Mutator
M33
MtChr3:26960761-26960964
TTAAAATAT
GGGAAATGTTAACTTGTGCCCTAAGGGCACATGTTAAGAATTCCATTAATAGAAATTATTTTTTGGAAATTGTGTTAATTTATTG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TTAAAATAT   AA                 A               ---------A           A A   T    TT      TT       TT     TTTAA
         GGG  ATGTTAACTTGTGCCCT AGGGCACATGTTAAG          ATTCCATTAAT G AAT ATTT  TGGAAA  GTGTTAA  TATTG     
         |||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||          ||||||||||| | ||| ||||  ||||||  |||||||  |||||     A
         CCC  TACAATTGAACACGGGA TCCCGTGTACAATTC          TAAGGTAATTA C TTA TAAA  ACTTTT  TATAGTT  ATAAT     
TATAAAATT   AG                 A               GTAATTAAAG           C A   T    TT      --       --     TTGTA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2020912

TTAAAATATGGGAAATGTTAACTTGTGCCCTAAGGGCACATGTTAAGAATTCCATTAATAGAAATTATTTTTTGGAAATTGTGTTAATTTATTGTTTAAAATGTTTAATATTGATATTTTTCATTAAATTATTACCATTAATGGAATGAAATTAATGCTTAACATGTGCCCTAAGGGCACAAGTTAACATGACCCTTAAAATAT

Copy Cancel