Plant MITE

SE2020963

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_6165
Medicago truncatula
SE2020963
Mutator
M60
MtChr4:26566835-26567603
TTTTTTATA
AGAGTAAATTACACTCCTCTCCCTTCAAAGATGCTTAAATTACACCTCCTCCCCTCTTATGTTAAAATATACATTCTCCTCC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TTTTTTAT                C    C              A        -  C                           C      CCTCTTATTTAAAACATATTA    AAATTTCATTCCCCTCCCCTAAGAAGCTTGAATTAAACTCCCCTCCCCTCTTATGTTAAAATCTACACTTTACTCCCTCAATATTTTTTTTTATTTCTAATAATCTAGCAAAATAATAATAATCTAACACACTTCGGAAAAAATAGTATTGCGGGTCTATTTTAATATAATAAAAATAGAATACATATTTTTCGCTATTTTTTATCCACAATTTCATCAACGTGTAGTTTTAATCCCTACTATAAAACATGAAACAACCCAAAATAAAAT
        AGAGTAAATTACACTC TCTC CTTCAAAGATGCTT AATTACAC CT CTCCCCTCTTATGTTAAAATATACATT TCCTCC                     GAAA                                                                                                                                                                                                                                                                              
        |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||                     ||||                                                                                                                                                                                                                                                                               
        TCTCATTTAATGTGAG GGAG GGAGTTTCTATGAA TTAATGTG GG GAGGGGAGAATACAATTTTATATGTGA GGGAGG                     TGAG                                                                                                                                                                                                                                                                              
ATATTTTT                T    A              C        A  T                           A      --AAACTTTTCATTTTCAATA    GGGAGGGAATATTTTATGAACTTAATGTTAGGAGAGGGAACTATTAATTTATACGTGATGTGAAATTAGATAAAATTGTATTTATTTATAAAAATACTATCTATAATTAAAATTTGGTGGTAAAATTTTTTTAATTAAGTAAAGAAATATTAAATTTACAGTTACTATTAATTTAAATTTATAAAACGATAACTAAAATATTAAATCTCATATTTTAATTTAAAATTTATTGGTACAAAATAACAGAAATCATTAAAAAGTGTATAAAAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2020963

TTTTTTATAGAGTAAATTACACTCCTCTCCCTTCAAAGATGCTTAAATTACACCTCCTCCCCTCTTATGTTAAAATATACATTCTCCTCCCCTCTTATTTAAAACATATTAGAAAAAATTTCATTCCCCTCCCCTAAGAAGCTTGAATTAAACTCCCCTCCCCTCTTATGTTAAAATCTACACTTTACTCCCTCAATATTTTTTTTTATTTCTAATAATCTAGCAAAATAATAATAATCTAACACACTTCGGAAAAAATAGTATTGCGGGTCTATTTTAATATAATAAAAATAGAATACATATTTTTCGCTATTTTTTATCCACAATTTCATCAACGTGTAGTTTTAATCCCTACTATAAAACATGAAACAACCCAAAATAAAATTAAAATATGTGAAAAATTACTAAAGACAATAAAACATGGTTATTTAAAATTTAATTTTATACTCTAAATTATAAAATCAATAGCAAAATATTTAAATTTAATTATCATTGACATTTAAATTATAAAGAAATGAATTAATTTTTTTAAAATGGTGGTTTAAAATTAATATCTATCATAAAAATATTTATTTATGTTAAAATAGATTAAAGTGTAGTGCATATTTAATTATCAAGGGAGAGGATTGTAATTCAAGTATTTTATAAGGGAGGGGAGTATAACTTTTACTTTTCAAAGGAGGGAAGTGTATATTTTAACATAAGAGGGGAGTGGAGTGTAATTCAAGTATCTTTGAGGAGAGGTGAGTGTAATTTACTCTTTTTTATA

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