SE3550011

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_6229
  • Mimulus guttatus
  • SE3550011
  • PIF/harbinger
  • To4
  • scaffold_12:14678162-14678924
  • TTA
  • AGGCCTTGTTTGAT

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
TT   CC         -   C  - TAA     TCTTAATGCAATTTAAACTCTTATTCGGTCAGATAGAAGCATTTAGTTTGTTTGGTACCTAACTCTGAATGGAAGCAATTACTGCTGATTGATTCAGCCGAAAAATCAAGTCTTATTCGTTCAGTGGATGGCTGAATTGAAATGAATATAATTTAGACAAAATTATCCCTAAAATTTGTTGAAAGTGGTGGACTTTTTTACGACAACACAAAGCGGTGGCCTTGTTAATAGTTTACGAGATATTTCAAAAATTGTTTATATAATTTGTTATGATTCATTATATTATTTTATAATAAAAATATGATTAGCCACAGTTTGGTTCTTCCACTACTAAAATATTGGAATTTATTT
  AGG  TTGTTTGAT TGC TC T   TGACC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
  |||  ||||||||| ||| || |   |||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               A
  TCC  AACAAGCTA TAT AA T   CGTGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
AT   AA         T   -  T ---     CTTGTGACTTGTGACTTGTGACTTGTGACTTACGACTTATGTATTGACTTACTAACTCTACTTGCAGATTAGTGACTTACGACTTGCAAATTTAAACAAACTATTGACTTTTTTGATAACGTAGACTTATTATATTAAAATGATATAATTGGGAGTATTAACAATTTGTATATAAATAAATAATTGTTTTAATAATTGTTATATACAGGTGACATTAATAATATAATATAAAGCCAAGTGCTTTAAATAGATTTAATATGTAAATAATGTATATTTTTTATTTTGAAAGTTGTATTTAAGATTAAGCAGTAACATTTATTGATTATAGACATTGTTTCACTTTTACTTTTT

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End