Plant MITE

SE3550100

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_6318
Mimulus guttatus
SE3550100
PIF/harbinger
To12
scaffold_7:3849130-3849787
TAA
AGAGCAACTCCAGC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TA                ATT    -         GTTATCTAATACTCATTTGATAACCAGGATTATACTTTGATATTTCTATACAACTAGTGAACTCCAACCACAGGTATCAAAAACAATTATCAAACAATTTATGATTATTTATATATTATTTATTTTTTAATCCATTTTAAATAATCATACAAAACCGATTTTTCTGGTAAACTATCTTCAAAATCAATATTAATCACGTTTTTACCTTTTGAAAATAAAAAAAAAAATTTATATATATATATGAGATTCTTTTTTTCCTTGGAACTTTATTGAAGCTATAGAGAAAAAAAAATTGT
  AGAGCAACTCCAGCCC   GTTA TCAAATGGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
  ||||||||||||||||   |||| |||||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
  TCTCGTTGAGGTTGCC   CCAA AATTTACCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
AA                ---    T         AATAGTTTGTGTAATTGGAGGTAAACTGAGGGGTTTAAATTTTTGAGAGAGGAGGTTACCCCAATGATTTTATCTCAAGATAAAACTATTGAGTAGGTAGCCCTTCATTTATGTAGGGTTTATTTATTAATAGTTTATAAGAGGATTTTTTGTCCTCGTGCACTCTTTTCTTTTTGGAGTTGTTTTAACTCAAAAAAAAAAAATAAATGCATTTTTAGAGTTGTATTATTTTAATTTAATAGATGGGATAAGTTGTTTAAAGGAGATACTTTTTTTTTAGAGTTTTTTTAGAGTTA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3550100

TAAGAGCAACTCCAGCCCATTGTTATCAAATGGGGTTATCTAATACTCATTTGATAACCAGGATTATACTTTGATATTTCTATACAACTAGTGAACTCCAACCACAGGTATCAAAAACAATTATCAAACAATTTATGATTATTTATATATTATTTATTTTTTAATCCATTTTAAATAATCATACAAAACCGATTTTTCTGGTAAACTATCTTCAAAATCAATATTAATCACGTTTTTACCTTTTGAAAATAAAAAAAAAAATTTATATATATATATGAGATTCTTTTTTTCCTTGGAACTTTATTGAAGCTATAGAGAAAAAAAAATTGTATTGAGATTTTTTTGAGATTTTTTTTTCATAGAGGAAATTTGTTGAATAGGGTAGATAATTTAATTTTATTATGTTGAGATTTTTACGTAAATAAAAAAAAAAAACTCAATTTTGTTGAGGTTTTTCTTTTCTCACGTGCTCCTGTTTTTTAGGAGAATATTTGATAATTATTTATTTGGGATGTATTTACTTCCCGATGGATGAGTTATCAAAATAGAACTCTATTTTAGTAACCCCATTGGAGGAGAGAGTTTTTAAATTTGGGGAGTCAAATGGAGGTTAATGTGTTTGATAACCCATTTAATAACCCCGTTGGAGTTGCTCTAA

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