Plant MITE

SE3530223

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_6441
Mimulus guttatus
SE3530223
hAT
Hat16
scaffold_9:1447816-1448514
GTAAATCA
TAGGGGTGGGTTT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

GTAAATCA             TTTTTAC  AATT   C      -       --C -      ATTCT        ATA    TACC        ------ CC    CCTACCGTACCCTACCGAAATGTTTTGGTAGGGCAACGGCACTCAATATTATTAAAATGGTATATTGCCCTACCGTACCAAAATATTATTAATAAATAAAATTTTATTTTAATAATTCATTTATCATATTTAAAAAGTTAATATAGTATCCTAATTAACTACTACGAGTTAAAATTAATTATACTCTTTAGATATGTCAAAACTATATTAAGTTGCTTTCATTAATAATGATATAATTGATGTTAAAAAAATTTA
        TAGGGGTGGGTTT       CA    GCC TACCAA CCCGTTG   C CTACCG     CTACCGAA   TTTC    GAATTATT      A  GTAC                                                                                                                                                                                                                                                               
        |||||||||||||       ||    ||| |||||| |||||||   | ||||||     ||||||||   ||||    ||||||||      |  ||||                                                                                                                                                                                                                                                                
        ATCCCCACCCAAA       GT    TGG ATGGTT GGGCAGC   G GATGGT     GATGGCTT   AAAG    CCATAATA      G  TAAT                                                                                                                                                                                                                                                               
ACTAAATG             CCATCCC  ----   C      T       TTA T      -----        --G    ----        TTTTAG --    GGTAACGGGACGGTTTTTCAAGCCATATGGCTTTAAGCCATATGGTTTTCAAGCCATGCCATCCATCCCATACCATTACTATTAATGGTTAAATACAATAGATGATAAATTCAGATTTAACTTTTAGTAAAAAAGTATCGTTAAGTTCCATATGTACAAATTTTACATGTTTTGATCAAAAAATTTTATATTCATAAGATTTATATACAAGAATTCAATAGGTTATATTTTATAAAGAATTTATTTTAATATTGT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3530223

GTAAATCATAGGGGTGGGTTTTTTTTACCAAATTGCCCTACCAACCCGTTGCCCTACCGATTCTCTACCGAAATATTTCTACCGAATTATTACCGTACCCTACCGTACCCTACCGAAATGTTTTGGTAGGGCAACGGCACTCAATATTATTAAAATGGTATATTGCCCTACCGTACCAAAATATTATTAATAAATAAAATTTTATTTTAATAATTCATTTATCATATTTAAAAAGTTAATATAGTATCCTAATTAACTACTACGAGTTAAAATTAATTATACTCTTTAGATATGTCAAAACTATATTAAGTTGCTTTCATTAATAATGATATAATTGATGTTAAAAAAATTTATGTTATAATTTTATTTAAGAAATATTTTATATTGGATAACTTAAGAACATATATTTAGAATACTTATATTTTAAAAAACTAGTTTTGTACATTTTAAACATGTATACCTTGAATTGCTATGAAAAAATGATTTTCAATTTAGACTTAAATAGTAGATAACATAAATTGGTAATTATCATTACCATACCCTACCTACCGTACCGAACTTTTGGTATACCGAATTTCGGTATACCGAACTTTTTGGCAGGGCAATGGTAATGGATTTTATAATACCGAAAGTTCGGTAGTGGTAGTGATTCGACGGGTTTGGTACGGTTGCCCTACCAAACCCACCCCTAGTAAATCA

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