SE3530304

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_6522
  • Mimulus guttatus
  • SE3530304
  • hAT
  • Hat20
  • scaffold_12:3322369-3323058
  • GCTAAATT
  • TTAGGGTTGTGC

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3' 
GCTAAAT            GT          GGTTAAAAACCAGCCATAAAACCAACTCAACTCATCCAACCAACTTTGGTAAATATTGGAAACCGTTATCGACCCAATTTACATGGGTTGGGTGATGGTTGAAAACCAATTTAATGGGTTGGTTGGTGGTTTGGTTGATGGGTCATCCATCTAAATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTACTTATTACAACACTATGTCTTCTATAAATTAAATGCGACTCGTTCAATAATATTCAAATAAAAGATTCAAAACATTACGGGCATATATATTGCAATTATACATAAATAGTTCAACAAATAATAATCGTCCAAAT
       TTAGGGTTGTGC  TGGTTGGTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
       ||||||||||||  ||||||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
       GATCCCGACACG  TACCTAGCCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
TTAAATC            --          AAATTGGTAGTTGGTTGGGTAAAAGCTGGGTGTTAAATACTACCAATTAGTTGGTAGTTGGCTGGGTAAATTCAACCCAGCTATTACAGTTGGTTGGGTACATATTAACCCAGCTATTATCAAAGATTATACGATTTTTCAACCAATCAGCCAATTATAGCCGGTTGGTTGAAATAAGTAATTAAATAATAAATAATTAAAATTAATTTTATAATTATAAAAATTAAAGTTTATAACTGGTTTTAGTATTTTCGTTATATAGATTGGATTAATAGATTAAACTTGATAAAATTAAAATTCTGTATATCAGATTTA
Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End

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