Plant MITE

SE3550378

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_6596
Mimulus guttatus
SE3550378
PIF/harbinger
To1
scaffold_12:1307396-1307960
TTA
T

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

    G GG     G     GATTATTTAAAAGCAGAAGTTAGTGATTGTGGGTTAAGGTGGTGTTTGCAAATGCTTTTTGAAAGTGATTATGCGGTTTATTTTGCTCATAATCTGTTTTTAGGTGTTTGTTAAATCAACTTTTGCTTTTGCTTCTCTTAAAATAATCTGCTTTAAGCTATTTTTTTAAAAGCACCCATAACCCTGTTTTTTCAATTTTAGTTCATTTTCCGAAATATTTGCAAACACCCCCAACTTTTAAAAATAAGCACTTAATACTAACTTA
TTAG T  TGTTT TAAAT                                                                                                                                                                                                                                                                         
|||| |  ||||| |||||                                                                                                                                                                                                                                                                         A
ATTC C  ACCAC AAACG                                                                                                                                                                                                                                                                         
    - --     -     TTTGCGAAAAACTTTCACTAATACTCGAAAAAAAACGAGTATTAGACAAAAGTCCACAAACGTTTTAGTTGAAAACAAAAACGAAGAAAATTTTATTATACGAAATTCGATAAAAAAATTTTCGTGGGGATTGGTACAAAAAAGATAAATTCAAGTAAAAGACTTTATAAACGTTTATGGGCGTTGAAAATCTTTATTTGTGAATTTTGACTGAATCCACCACAAACGTTTACTAATAAATTTTCATCTTCAATCACTAACACTA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3550378

TTAGGTGGTGTTTGTAAATGATTATTTAAAAGCAGAAGTTAGTGATTGTGGGTTAAGGTGGTGTTTGCAAATGCTTTTTGAAAGTGATTATGCGGTTTATTTTGCTCATAATCTGTTTTTAGGTGTTTGTTAAATCAACTTTTGCTTTTGCTTCTCTTAAAATAATCTGCTTTAAGCTATTTTTTTAAAAGCACCCATAACCCTGTTTTTTCAATTTTAGTTCATTTTCCGAAATATTTGCAAACACCCCCAACTTTTAAAAATAAGCACTTAATACTAACTTAAATCACAATCACTAACTTCTACTTTTAAATAATCATTTGCAAACACCACCTAAGTCAGTTTTAAGTGTTTATTTCTAAAAGTTGCGGGTATTTGCAAATATTTCAGAAAATGAACTTAAATAGAAAAAACATGGTTAGGGGTGCTTTTAAAAAAATAGCTTAAAGCATATTATTTTAAAAGAAGCAAAAACAAAAGTTGATTTTGCAAACACCTGAAAACAGATTATGAGCAAAAAAAAGCTCATAATCACTTTCAAAAAGCGTTTGCAAACACCACCTTA

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