Plant MITE

SE3520557

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_6775
Mimulus guttatus
SE3520557
Mutator
M29
scaffold_14:25098060-25098671
TAAATTAAG
AATTAAGAGTGGTGCTATTTCCACCCCAAATTATC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TA    A    TG               -C   TT   TCAA             -------       -   GTCATAAATACCCCTCAAATTTTATAATCGACCACCCTTTCTTATATTAACTTAATCCTCAAGTGTTCTAACTTATTACTATTTCTATTTTTATTTTATTAATTTTTTTTATTAATTTTTTTTTATTTCTTAAAGTGAAATATTTATTACAAGATATTTAAACTTTCATATCAGATGACCAACATATTATGTAATCTTTTTTTAGGAAACGAAATTATATTAAGTCAAACTGATTCT
  AATT AGAG  GTGCTATTTCCACCC  AAA  ATC    TTCACCACCAAAT       ATTATAA AAT                                                                                                                                                                                                                                             
  |||| ||||  |||||||||||||||  |||  |||    |||||||||||||       ||||||| |||                                                                                                                                                                                                                                             G
  TTAA TCTC  CACGATAAAGGTGGG  TTT  TAG    AAGTGGTGGTTTA       TAAAGGT AAA                                                                                                                                                                                                                                             
AA    A    TA               AT   TT   CATA             ATTTATC       T   ATGGATAAAAAAGAAGAAAGTGGATGTAAAAAAAGTTTAAATATATGGTATATGGTGATTTGATTAATTTTATATATTTTTTTAGGGTGGGAAAAGTGACTTTTAGAGTAGGAGAGGTGGAATTCACTTATTGTGAAAGCAGTCTCTTTTTATAAAAGCTTCCAGTTTTTCTCGTCCTTAAGTGCAAAAAACTCTTTATTTAATTCTAACGAACATACCTTCCAGTACTTGAAGGAG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3520557

TAAATTAAGAGTGGTGCTATTTCCACCCCAAATTATCTCAATTCACCACCAAATATTATAAAATGTCATAAATACCCCTCAAATTTTATAATCGACCACCCTTTCTTATATTAACTTAATCCTCAAGTGTTCTAACTTATTACTATTTCTATTTTTATTTTATTAATTTTTTTTATTAATTTTTTTTTATTTCTTAAAGTGAAATATTTATTACAAGATATTTAAACTTTCATATCAGATGACCAACATATTATGTAATCTTTTTTTAGGAAACGAAATTATATTAAGTCAAACTGATTCTGGAGGAAGTTCATGACCTTCCATACAAGCAATCTTAATTTATTTCTCAAAAAACGTGAATTCCTGCTCTTTTTGACCTTCGAAAATATTTTTCTCTGACGAAAGTGTTATTCACTTAAGGTGGAGAGGATGAGATTTTCAGTGAAAAGGGTGGGATTTTTTTATATATTTTAATTAGTTTAGTGGTATATGGTATATAAATTTGAAAAAAATGTAGGTGAAAGAAGAAAAAATAGGTAAAATTGGAAATCTATTTAATTTGGTGGTGAAATACGATTTTTTTAGGGTGGAAATAGCACATCTCTAAATTAA

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