SE3530609

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_6827
  • Mimulus guttatus
  • SE3530609
  • hAT
  • Hat20
  • scaffold_5:956075-956805
  • GGTGTGTG
  • TGTAGGGCTGTGC

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3' 
GGTGTG G           ATG   C   TTTAACCATCAACCAACCCATTTTCGACCCACAATTTGTGATGGTTAATCAACCATCAACCGACCCATTTAAGTTGGGTCGATAATGTCAACCAACCCATGTATAGTTGGGTCGATAATGGTTTCTAATATGCTAAAAAGTTGGTTAGTCGGTTAATATCGGCCAACCAACTTTATTCATTAATTTATTATTTATTAATTTTAATTAAAATTTTTAATAGTTTTAATTTCAAATTTCTATTTTATATCACATTTATTAAATTGTTTAATATTGACCAAAATCCTAAAAACAATAAATCTAACCTAATTATCTAATTTGAACTATTTTAATTTTAAGAT
      T TAGGGCTGTGC   GAT GGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
      | |||||||||||   ||| |||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  A
      G ATCCCGACACG   CAA CCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
GTGTGT G           ---   -   ACCAAACCAATTTTTGGTCCGTATTTTGGTTGGGTTGGGTAGGTTGGTTGAAACCGTTTATAACCTTTGGCAATAGCTGGGTTGAATGTACCCAACCCACTACCAACTTTTGGTTAAATTACCCAACCAACCACCAAACCAACTACCCAGTAGGTAGATTTATAAAAAATTAAAAAAAAAATTATAAAATAATGAACAATGTTGCGATATAGAAAATATTTAATTTACGCTGATCAAGTTATTATAAGTTTATTTTCTAAGTTTTGTAATGCCCGTATATATAACGTTAATTTGTATTTATCAAGTTGTTTATTATTAGCAGGTTATAAATCTGACAT
Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End

Copyright ©.   Contact us: contact@pmite.com   京ICP备2022028499号-3