Plant MITE

SE3550611

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_6829
Mimulus guttatus
SE3550611
PIF/harbinger
To6
scaffold_8:5202343-5202755
TAA
AGGCCTCGTTTGCTT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TA               ACATA    GA       C     A        ----TG     -   -   TACTGGGTAACTAATTAATTAGTTAATAATATGTTCGGTTCTTTAGATTACATGTTGTATTAAATTTGTTAAATTCTTTTATTATATGTAAATTGTCTATAAAGTCTTTTATTTAACAAAATTAAATCATTATTTGATGGATA
  AGGCCTCGTTTGCTT     TATT  ATTAGAT GGATT GATTAGAT      AATTA ATT CCC                                                                                                                                               
  |||||||||||||||     ||||  ||||||| ||||| ||||||||      ||||| ||| |||                                                                                                                                               A
  TCCGGAGCAAACGAA     ATGA  TAATCTA CCTAA TTGATTTA      TCAAT ATT TAC                                                                                                                                               
AA               ---CA    --       A     -        TCATCC     C   C   AAACCAACCATCCTAAGTTGTAATGAGCTCATGCGATGATTTCAATTTCGGGCGTTAATTCACAATGATGCAGTACTATAATCATTGTGGGAAGAGGTACGTTAATTAAATCATCCCCCACTGATTTTACCCTTTAATGTTTA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3550611

TAAGGCCTCGTTTGCTTACATATATTGAATTAGATCGGATTAGATTAGATTGAATTAATTCCCTACTGGGTAACTAATTAATTAGTTAATAATATGTTCGGTTCTTTAGATTACATGTTGTATTAAATTTGTTAAATTCTTTTATTATATGTAAATTGTCTATAAAGTCTTTTATTTAACAAAATTAAATCATTATTTGATGGATAAATTTGTAATTTCCCATTTTAGTCACCCCCTACTAAATTAATTGCATGGAGAAGGGTGTTACTAATATCATGACGTAGTAACACTTAATTGCGGGCTTTAACTTTAGTAGCGTACTCGAGTAATGTTGAATCCTACCAACCAAACATCTTACTAACTCCTACTATTTAGTTAATCCAATCTAATAGTAACAAGCAAACGAGGCCTAA

Copy Cancel