Plant MITE

SE3530639

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_6857
Mimulus guttatus
SE3530639
hAT
Hat8
scaffold_13:13225127-13225732
GTTAATAT
GGCCGAGG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

GTTAATATCAGTGTTCTAAAAATC        --  ---  CCA     ----      ATTTTAGTGTAAAGGTTTGAAAAATCGATTTTTTGCCTGTGAGGCGGTTTTAGGCGGTCTGAGGCGGTCCGAGGCGGTCTGAGGCGGTCAAACCTTTAAGGCGGGTCAAACTCCGTGGCAAAAATCGGTTAAAAATCGATTTTTTTTTTTTTAATTCAAAATAAAAGTTGGATTTTAATAAAAGAAAATATGAGTTTATGCCTTATTTTGTTTATGTTAATTATTATTGTTAAAGAACTGAATAAATGTTAATTCAAAA
                        GGCCGAGG  CG   GT   AAACC    TTTACG                                                                                                                                                                                                                                                                   
                        ||||||||  ||   ||   |||||    ||||||                                                                                                                                                                                                                                                                   A
                        TTGGTTCC  CA   TC   CGCCA    CCCAGG                                                                                                                                                                                                                                                                   
                   TATAA        AA  TTT  ---     TTAG      CTCAGCCAGTCCGTGGCTGAGTGCTAATTAGCCACGCCGCCACTAATTTAGCCACTATTTAGCCTTTATTTAGCCAAAAATTTTAAATTATATTATATAAAGATTTATAATAAATATTTATGAGGTTTGTATATAATTTTCTATAAATTTGTATCAATATAGAGATAGTACATATATAGGATTATTGTATTATTTTCAAATTATTAATATTCTAGTATTATGTATTTATAGGAATATTTTATATTTATTTTTTCGTTTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3530639

GTTAATATCAGTGTTCTAAAAATCGGCCGAGGCGGTCCAAAACCTTTACGATTTTAGTGTAAAGGTTTGAAAAATCGATTTTTTGCCTGTGAGGCGGTTTTAGGCGGTCTGAGGCGGTCCGAGGCGGTCTGAGGCGGTCAAACCTTTAAGGCGGGTCAAACTCCGTGGCAAAAATCGGTTAAAAATCGATTTTTTTTTTTTTAATTCAAAATAAAAGTTGGATTTTAATAAAAGAAAATATGAGTTTATGCCTTATTTTGTTTATGTTAATTATTATTGTTAAAGAACTGAATAAATGTTAATTCAAAAATTTTGCTTTTTTATTTATATTTTATAAGGATATTTATGTATTATGATCTTATAATTATTAAACTTTTATTATGTTATTAGGATATATACATGATAGAGATATAACTATGTTTAAATATCTTTTAATATATGTTTGGAGTATTTATAAATAATATTTAGAAATATATTATATTAAATTTTAAAAACCGATTTATTTCCGATTTATCACCGATTTAATCACCGCCGCACCGATTAATCGTGAGTCGGTGCCTGACCGACTCGGACCCGATTACCGCCTTTTACAACCTTGGTTAATAT

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