Plant MITE

SE3520640

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_6858
Mimulus guttatus
SE3520640
Mutator
M53
scaffold_12:381095-381725
TTTTTTTTT
GGGTTAAATACAGTTTGCACCCCTAAAGTATACCCTCTGTAACACTTATCCCCTTAAAGTATCATTTGTAACACTTACCCCCCTCAAGCACAATTTAATTTGTATTTTAAATTTTAA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TTTTTTTTT            G           AAA     CC   -                                             C  AA   -     TAA             T     CACCTTAA      ---- TTTTATT    GGAATAACTAAAAGAATAATTAAATTATACAACTAAAAAAATCTGTTGAAAAATACAATATTTCCAAATTTATAAATATTATCTTACGTTGGATACTTATTCAATAAATAACATCTAATTGTTGTTGAACCAATTAATCAAAAATACTCTATCAATAAATTTTAAGA
         GGGTTAAATACA TTTGCACCCCT   GTATA  CTC TGTAACACTTATCCCCTTAAAGTATCATTTGTAACACTTACCCCC TC  GCA CAATT   TTTGTATTTTAAA TTTAA        AAAATT    G       AAAA                                                                                                                                                                       
         |||||||||||| |||||||||||   |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||   ||||||||||||| |||||        ||||||    |       ||||                                                                                                                                                                        
         CCCGATTTATGT AAACGTGGGGA   CATAT  GAG ACATTGTGAATGGGGGAATTTCATAGTAAACATTGTGAGTGGGGG AG  TGT GTTAA   AAATATAAAATTT AAATT        TATTTG    G       TTAG                                                                                                                                                                       
TTTTTTTTT            G           CTA     -C   T                                             -  -G   A     -TA             T     --TTTTAT      TATT -------    ATTATTAATTGCCAAGTATCTTTTAACTTTTCATTGATTTTAAGTAATAACTTTTTTTTAATTTTTCATTATATATAACCCATTATTACTTACTTTTATATAAATTTTTTTAATAACTTGATTTTATTTAAATTTATGAATTCTGAAGATAATCAATACGTAACTAA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3520640

TTTTTTTTTGGGTTAAATACAGTTTGCACCCCTAAAGTATACCCTCTGTAACACTTATCCCCTTAAAGTATCATTTGTAACACTTACCCCCCTCAAGCACAATTTAATTTGTATTTTAAATTTTAACACCTTAAAAAATTGTTTTATTAAAAGGAATAACTAAAAGAATAATTAAATTATACAACTAAAAAAATCTGTTGAAAAATACAATATTTCCAAATTTATAAATATTATCTTACGTTGGATACTTATTCAATAAATAACATCTAATTGTTGTTGAACCAATTAATCAAAAATACTCTATCAATAAATTTTAAGAAATCAATGCATAACTAATAGAAGTCTTAAGTATTTAAATTTATTTTAGTTCAATAATTTTTTTAAATATATTTTCATTCATTATTACCCAATATATATTACTTTTTAATTTTTTTTCAATAATGAATTTTAGTTACTTTTCAATTTTCTATGAACCGTTAATTATTAGATTGTTATGTTTATTATTTTTTAAATTTTAAAATATAAAATAATTGATGTGGAGGGGGTGAGTGTTACAAATGATACTTTAAGGGGGTAAGTGTTACATGAGCTATACATCAGGGGTGCAAAGTGTATTTAGCCCTTTTTTTTT

Copy Cancel