Plant MITE

SE3530645

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_6863
Mimulus guttatus
SE3530645
hAT
Hat19
scaffold_5:23428164-23428905
TTCGCCGA
TCGCCGACAGAGCCGGCCTTGAGGGT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

T   C   -         C         --        - AAGCCTTGGCTTAGGGCCCCACCCCACAAGGGGGCCCCACAATTTTTTTCATAAACCACTATATGGCCCCAATAATTAATTATATAGCACATTTTAGTCCTTAAATAGCATATTAGATGTTGTTTTAAACTATATGTTAATGGAATATTTTATAATCTCAACTATCCAAAAAATATAAAGAAAGACCAATTTAAATATTGTGTTTTGTAGATAATATTGTTTATAAATTAATTATATAATTACTTGTAGTATGTTATTAATATCTAAATGTATATGCCAATTTTTTATAAGATTATAATTAAATCTTAAACCAAACATCCATATCACAAAAAG
 TCG CGA CAGAGCCGG CTTGAGGGT  AAGCCAAG G                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
 ||| ||| ||||||||| |||||||||  |||||||| |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A
 AGC GCT GTCTCGGCC GGACTCTTA  CCCCCGGG T                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
    C   T         A         AA        A TCGCCTAAAATTGTAATAGCGAAACCAAAAGAATTTATCATGGAATATTTAATATAACAATAACCATGTGTAAAAATTGTTTATAGAATAAATTATTTATTTGAAAAAAAGAGAAAATAACTTTTATTATTATACTTAAAATTTATATAGTTTATGCTTGGAATTACAACAACCGTAACATTTTTGTAAACTACTGTATTACTATATACGTAGATAAAGTACGTATTTGTTGTGTAATACCCCTCCTTTTTTTTGTTAGCAACTAGTTTTAATAATTTTCATGTATATAACTAGTAATATAATAAGCAGAGTTGGCTGCTGTCAAGCAAAGTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3530645

TTCGCCGACAGAGCCGGCCTTGAGGGTAAGCCAAGGAAGCCTTGGCTTAGGGCCCCACCCCACAAGGGGGCCCCACAATTTTTTTCATAAACCACTATATGGCCCCAATAATTAATTATATAGCACATTTTAGTCCTTAAATAGCATATTAGATGTTGTTTTAAACTATATGTTAATGGAATATTTTATAATCTCAACTATCCAAAAAATATAAAGAAAGACCAATTTAAATATTGTGTTTTGTAGATAATATTGTTTATAAATTAATTATATAATTACTTGTAGTATGTTATTAATATCTAAATGTATATGCCAATTTTTTATAAGATTATAATTAAATCTTAAACCAAACATCCATATCACAAAAAGATTGAAACGAACTGTCGTCGGTTGAGACGAATAATATAATGATCAATATATGTACTTTTAATAATTTTGATCAACGATTGTTTTTTTTCCTCCCCATAATGTGTTGTTTATGCATGAAATAGATGCATATATCATTATGTCATCAAATGTTTTTACAATGCCAACAACATTAAGGTTCGTATTTGATATATTTAAAATTCATATTATTATTTTCAATAAAAGAGAAAAAAAGTTTATTTATTAAATAAGATATTTGTTAAAAATGTGTACCAATAACAATATAATTTATAAGGTACTATTTAAGAAAACCAAAGCGATAATGTTAAAATCCGCTTAGGGCCCCCAAATTCTCAGGACCGGCTCTGTTCGCCGA

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