Plant MITE

SE3550655

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_6873
Mimulus guttatus
SE3550655
PIF/harbinger
To23
scaffold_2:6597808-6598559
TTA
AGAGCATCTCCAAGAG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TT  AG         G  --C   TGCAAACTCATATTTTACACAATATAAACAACCAAAAGCAAAAAAGTGAGCTCCAAGAGGAAAATGCAAAAGTAATAGATTGGCCAAATTGTAACTTTGGTTTCTCAAATTTGAGAAACTAAAACTACAATTTAGCAAATGTAGGAAATATTAAAATAATATTATATTGTACTTTATAATAGATTTAGCATTAAAAAATATTTTATATTGTCTTGTTTTTTTGCAAATAAATGTACTAAAGATGAAATTTAATTACTATTTTACTTAGTATAAATAATAATTAAAATAAAAAAAAATATCATTTTAATTACAATAAAAAAATATTTCATAAAGAATTATAAAATTTTAATGTT
  AG  CATCTCCAA AG   TAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
  ||  ||||||||| ||   |||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
  TC  GTAGAGGTT TC   CAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
AT  CG         G  AAA   ATTTTTGCCAACAGATATAGATATTATATTGGTTGCTTGTCACAAAATCGTGAGGTGAAAATTGCGACGTGAGGTTGTTGTAACAAATATAAAATGTGTTAATAAAATAAATTAATAAAAAATAATTTATCAAAGATGTACTATAAGTTAGTAATATTTATAATTATTTCTACACATAATAAGATTTGTTATATAAATATACAACTTAGAAATTATTAGAAACAAAATGTTTAAATAAACTGAAAATAAAACCAATTATATGATTATTGAATATTATGATTAATTATTCATATGTTTTAATTAAAATTTAAACTATTTTATTGAAAGTTATTGAATTAACTATATATAATTAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3550655

TTAGAGCATCTCCAAGAGCTAATGCAAACTCATATTTTACACAATATAAACAACCAAAAGCAAAAAAGTGAGCTCCAAGAGGAAAATGCAAAAGTAATAGATTGGCCAAATTGTAACTTTGGTTTCTCAAATTTGAGAAACTAAAACTACAATTTAGCAAATGTAGGAAATATTAAAATAATATTATATTGTACTTTATAATAGATTTAGCATTAAAAAATATTTTATATTGTCTTGTTTTTTTGCAAATAAATGTACTAAAGATGAAATTTAATTACTATTTTACTTAGTATAAATAATAATTAAAATAAAAAAAAATATCATTTTAATTACAATAAAAAAATATTTCATAAAGAATTATAAAATTTTAATGTTTATTAATATATATCAATTAAGTTATTGAAAGTTATTTTATCAAATTTAAAATTAATTTTGTATACTTATTAATTAGTATTATAAGTTATTAGTATATTAACCAAAATAAAAGTCAAATAAATTTGTAAAACAAAGATTATTAAAGATTCAACATATAAATATATTGTTTAGAATAATACACATCTTTATTAATATTTATAATGATTGAATATCATGTAGAAACTATTTAATAAAAAATAATTAAATAAAATAATTGTGTAAAATATAAACAATGTTGTTGGAGTGCAGCGTTAAAAGTGGAGTGCTAAAACACTGTTCGTTGGTTATATTATAGATATAGACAACCGTTTTTAAACAAACTGTTGGAGATGGCCTTA

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