SE3530677

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_6895
  • Mimulus guttatus
  • SE3530677
  • hAT
  • Hat16
  • scaffold_13:10752071-10752669
  • TATATAGG
  • TATAGGTAGGGGTGGGTTT

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
TA    G              TTTTTACCAA   - CCCTACCAACCCGATGCCCTACCGTACCGTACCAATTCTCTACCGAAAAATCTCTACCGAATTATTACCGTACCCTACCGTACCCTACCGAAATGTTTTGGTAGGGCAACGGCATTTAAGATTATTAAAATGGTAATGCCCTACCGTACCGAAATATTATTAATAAATAAAATTTTATTTTAATAATTCAATTTATTATATATAATTGATGTTAAAAATTCTTATGTTATAATTTTATTTAAGAAATATTTTACGTGAGGTAAATT
  TATA GTAGGGGTGGGTTT          ATT G                                                                                                                                                                                                                                                                          
  |||| ||||||||||||||          ||| |                                                                                                                                                                                                                                                                           
  ATAT TATCCCCACCCAAA          CGT G                                                                                                                                                                                                                                                                          
GG    A              ----CCATCC   T GCATGGTTTGGGGAGCTTAGTGATGGTTATGGCTTTAAAGCCATAATACTTTAGGTAATGGTAACGGGATGGTTTTTGAAGCCATATGGCTAAAGCCATATGGTTTTCAAGCCATGCCATCCCATACCATTACCATTAATGGTTAAATATAATAGATAATAAATTCAGATTTCACTTATAGTAAAAAAAGTTTCGTTAAGTTCCATATGTACAAATTTTACATGTTTTGATTAAAAAATTTATATTCACAGGATTATATACAAGAT

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End