Plant MITE

SE3530679

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_6897
Mimulus guttatus
SE3530679
hAT
Hat22
scaffold_2:11863503-11864214
ATAAAGTG
CAATGTTGTCGGAACCGGACCGGACCGGCCGGT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

ATAAAGTG       G                 -  --      --CC   CGGTTCGACCGGGACCCGGTGATGGCGCGATCCGGTTCGACACTAAGAACCGGAAAAGTAAAAAACCGGGGTCAATTAATTTGGACCCGGAAAGGAGCCGGTTGAACCGCGAAAAACTGTCGGTTGAACCGCGAAGACCGCCGGTTGAACCAGTTGAAAACCGGGTTAAACCGGATTCAATATCAAAACATAAAGGGAACAGATGAAACGGAGGGGGATTAATGTTTGGTTTTCCGATTTGCTGCAGATTTAGTGAAATATTTGATTATGTGTATTTAATTGGGAAGGGGAAGCACCATTGTTGAAT
        CAATGTT TCGGAACCGGACCGGAC CG  GCCGGT    GAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
        ||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||    |||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   G
        GTTACAA AGTCTTGGCCTGGCCTG GC  TGGCCG    GTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
GTGAAATA       A                 T  TT      ATAT   AACCCAGTGCCAACCTGGCCAAGTTGGCCCCAGCTGGGCCCAAAAAATTAAAATTTAATAAATAAATATTAAAATTTAATTAATAGAATTATATTTAATTTTGTATAAGACTAGGAATTGATAGTTGTATTTTAATTAAGTAATAAAATAAATAATTAATATATTAGTATAAACTTTGTGTTTCTTTTAACTAAGATGTTATATTTACTATTAATTAATAAATTATTATCTTAGTTATATTTAATGATTGGGTTTGGGATTAAATCATGAAACACAGCAGAGAAGTAAAAAACGGAGAAAAAGTAAG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3530679

ATAAAGTGCAATGTTGTCGGAACCGGACCGGACCGGCCGGTCCGACCGGTTCGACCGGGACCCGGTGATGGCGCGATCCGGTTCGACACTAAGAACCGGAAAAGTAAAAAACCGGGGTCAATTAATTTGGACCCGGAAAGGAGCCGGTTGAACCGCGAAAAACTGTCGGTTGAACCGCGAAGACCGCCGGTTGAACCAGTTGAAAACCGGGTTAAACCGGATTCAATATCAAAACATAAAGGGAACAGATGAAACGGAGGGGGATTAATGTTTGGTTTTCCGATTTGCTGCAGATTTAGTGAAATATTTGATTATGTGTATTTAATTGGGAAGGGGAAGCACCATTGTTGAATGGAATGAAAAAGAGGCAAAAAATGAAGAGACGACACAAAGTACTAAATTAGGGTTTGGGTTAGTAATTTATATTGATTCTATTATTAAATAATTAATTATCATTTATATTGTAGAATCAATTTTCTTTGTGTTTCAAATATGATTATATAATTAATAAATAAAATAATGAATTAATTTTATGTTGATAGTTAAGGATCAGAATATGTTTTAATTTATATTAAGATAATTAATTTAAAATTATAAATAAATAATTTAAAATTAAAAAACCCGGGTCGACCCCGGTTGAACCGGTCCAACCGTGACCCAAATGTATAGCCGGTTTCGTGTCCGGTCCGGTTCTGAAAACATTGATAAAGTG

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